天才科学者・兜剣造博士は、実験中の事故で瀕死の重傷を負ったが、父・十蔵博士の手により、サイボーグとして蘇った。
その後、来たるべきミケーネ帝国との戦いにそなえ、十蔵の設計したマジンガーZをパワーアップさせた「グレートマジンガー」を製作。
孤児の剣鉄也と炎ジュンを引き取り、パイロットとして育成しながら戦いの日に備えていた。
息子・甲児がマジンガーZでドクター・ヘルと戦っている間、剣造はその戦いを見守るのみであった。
だがドクター・ヘルの敗北後、地底に潜んでいたミケーネ帝国が地上侵略へと乗り出す。
彼らの兵器「戦闘獣」の前にマジンガーZはたちまち追いつめられてしまう。
この時、ついに剣造はグレートマジンガーを出撃させた。
鉄也のグレートマジンガーは初出撃で戦闘獣を一蹴してその力を示した。
以後、マジンガーZに代わってグレートマジンガーが地上を防衛する任に就き、ミケーネとの新たな戦いが始まったのである。