NEW GAME選択後の設定画面も含めて説明する。
・Name: ロード画面にてセーブファイルに表示される
・Map seed: 今回のプレイで生成されるマップのパターン
・Enable intro sequence: チェックを外すとオープニングを飛ばして開始できる
・Difficulty 下記項目を参照
難易度
ここでの設定は、SCP達の出現頻度等に影響する。
・Safe: F5キーでいつでもセーブ可能。
他に、パソコンのディスプレイ等のクリック可能なモニタの画面をクリックし、内容を表示中にF5キー
ポーズ内のQuit→Save & Quitでもセーブ可能
・Euclid: セーブ方法は、クリック可能なモニタでのセーブのみ
・Keter: Safeと同じセーブ方法だが、説明文の"人生は1つしかない"ことを再現しているのか、死亡すると現プレイでのセーブデータは消去される。
また、SCP達の出現率を増加させる"積極的なNPC"モードが有効化される
・Custom: 特定のハンディキャップを有効または無効にすることができる
・Permadeath: チェックするとSave anywhereのチェックを無効にし、Keter難易度と同様に、死亡するとセーブデータが消去される
・Save anywhere: チェック時はSafeと同様の、未チェック時はEuclidと同様のセーブ方法
・Aggressive NPCs: チェック時は、前述の"積極的なNPC"モードが有効化される
・Other difficulty factors:
Easy、Normal、Hardがあり、EasyはSafe、NormalはEuclid、Hard はKeterと同等の出現頻度となる。
また、SCP-914からアップグレードされたキーカードを取得することの困難さと（カードキーの改造）いくつかのNPCのスピードに影響する
Normal: SCP-173、SCP-106、SCP-049、SCP-096、SCP-939およびMTFの速度は10％増加
Hard: 前述のNPCの速度を20％増加
下段左のLoad Mapは、Map Creatorで作成したマップを読み込んでプレイできる。
[Map Creator\Maps]フォルダ内にある、拡張子がcbmap2 のファイルが読み込み可能なマップとして一覧に表示される。