パズルパイレーツに降り立ったプレイヤーがまずはじめにお世話になるであろう海軍。
パズルの成果により微々たるものだがレアルが支給される。
海軍では船系のパズル（トレジャーキャッチャー除く）を全てプレイできるが、ナビゲーション、パズルキャノン、シーバトルは海軍で一定以上の階級（少佐以上？）が必要。海軍の階級は海軍の任務を一定回数こなすと上がり、報酬（レアル）が増えたり、褒賞（主に衣類）がもらえたりする。
まずはじめにセーリングの練習、カーペンターの練習、ポンプの練習があり、それらを1回以上プレイすると
それぞれ操帆任務、大工任務、排水任務としてミッションボードに表示される。
パズルキャノンは弾込め任務、ナビゲーションはナビゲート任務、シーバトルは敵船討伐任務としてミッションボードに表示される。任務のうち、ナビゲート、敵船討伐はNPCキャラクターが4人乗ったスループで行われ、そのほかは商用ブリッグでできる。いずれもどの船になるかはランダム。
海軍任務褒賞の服の色
住民登録した島ごとに褒賞でもらえる服の色が違います。
- オレンジ
アルカイド島
チャチャポーヤ島
- タン
アリオト島
ウェズン島
ケツァル島
- ピンク
アネガダ島
- ライム
アルキオネ島
メシエの冠島
- 黄
エレクトラ島
マヌ島
- 水色
ビューフォート兄弟島
- 青
グウェロード島
ツムルト島
マイア島
- 青紫
シリウス島
- 赤
イーリャ・デ・アーギア島
ドゥーベ島
- 茶
クァニート島
メラク島
- 白
ハッブルの瞳島