ジュエリーランドの平和の象徴である12個の宝石がクッパ達に奪われ、その国のポット王とパイン王子も行方不明になってしまった。
パイン王子の友達であるピーチ姫から助けを求められたマリオとヨッシーの2人は、ジュエリーランドの平和を取り戻すため、クッパ達によって奪われた12個の宝石を奪還する冒険の旅に出発した。
主要キャラクター
その他キャラクター
敵キャラクター
- コクッパ7人衆
- レミー
1面「草原コース」のボス。
レミー自身の姿を模したロボットで襲い掛かってくる。
- レミー
- ルドウィッグ
2面「キノココース」のボス。
最初は亀型ロボットで襲い掛かってくる。
次に人型に変形する。
- ウェンディ
3面「土管コース」のボス。
コクッパの中で唯一、乗り込むメカを与えられていない。
代わりに周囲をサポートメカが飛んでいる。
- ラリー
4面のボス。
太陽のような形状のメカに乗る。
- モートン
5面のボス。
蛙のようなメカを操る。
- イギー
6面のボス。
イカのようなメカを操る。
- ロイ
7面のボス。
顔付きの気球メカを操る。
- カメック
8面のボス。
- アトミックテレサ
9面のボス。
- ブル
10面のボス。
- ノコノコ
11面のボス。
コクッパたち同様、ロボットに乗ってる。
- クッパ
ラスボス。12面のボス。
「主要キャラクター」を参照。