【謎のダンジョン】

DQ4（PS版）

リメイクで追加された【隠しダンジョン】。
PS版では特に名前はついておらず単に「隠しダンジョン」などと呼ばれていたが、後述のDS版の公式ガイドブックで「謎のダンジョン」の名称で紹介された。その後、【ドラゴンクエスト25thアニバーサリー 冒険の歴史書】でもこの名称が使われ、PS版・DS版以降で共通の名称となった。
　
【デスピサロ】撃破後にセーブし、そのデータ（「６章」と表記される）でコンティニューすると、【ゴットサイド】の町の祭壇に大穴が開いており、そこから進入する。
馬車は入れないが、後述する【なぞの教会】のあるフロアとボスフロアである【なぞの火口】では馬車が突如現れて入れ替え可能となる。
　
DQ6以来伝統となった既存マップの使い回しとなっており、さらに今回は基本ゲームシステムの輸入元であるDQ7のダンジョンマップも使い回されている。
坂道のあるフロア、水中のフロア、溶岩のあるフロア、階段がたくさんあるフロアがそれにあたる。【仲間会話】でもしっかり地形に関して言及している。
今までのダンジョンよりもマップ数がかなり多く、最深部に到達するまでにはかなりの時間がかかる。
途中には宿屋があり、さらに進むと中間地点にはなぞの教会がありセーブが可能。教会へはルーラでの往来が可能となる。
　
さらに裏ダンジョン用の追加モンスターもDQ7から輸入したものであり、ステータス・耐性もほぼ同じで若干の特技の仕様とSE、報酬が異なるだけ。それらがDQ4の終盤の敵に混ざって出現するのである。
しかしDQ7に比べてステータスの値が低く、呪文や特技の幅も狭いDQ4メンバーからすればかなり手強い。
そのためのバランス調整か、輸入されたモンスターは主にDQ7のDISC2に登場するもので、【さらなる異世界】レベルのモンスターは【パンドラボックス】と【プラチナキング】のみにとどまり、それ以外はラスダンかその直前あたりの敵が多い。
呪文のスペックが中クラスではあるが、ステータスの高い敵が多い。ザキやあまいいき、痛恨を繰り出すパンドラボックスをはじめ、はげしいほのおを吐く【にじくじゃく】、【ギガントドラゴン】に【ギャオース】、そして【ランプのまおう】や【フロッグキング】といったFC版DQ4には無かった特技や呪文による攻撃を仕掛けてくる奴もいる。
馬車も入れないので油断しているとあっという間に全滅しかねない。レベルや装備はきちんと整えてから行った方が良いだろう。
ただ、DQ7本編と耐性も使いまわしているため、メラ・ギラ・イオ・デイン耐性が全体的に低いというDQ7の敵の弱点もそのままである。
マーニャのイオナズンや勇者のギガデインなどは容赦なくぶっ放そう。
　
最深部には【旅の扉】があり、そこから隠しボスたる【エッグラ】と【チキーラ】のコンビが待ち構える「なぞの火口」にワープできる。
シリーズの隠しボスとしては弱い方なのだがそこはそれ。本作メンバーにとっては結構な強さなので、くれぐれも心してかかるように。
勝利すると、【世界樹】に【せかいじゅのはな】が咲く。その後のストーリーについては【第六章】を参照。
　
なお1度エッグラとチキーラに勝利した後も2人の元に行けば何度でも戦う事が可能。
倒す度に【ピサロ】専用の「魔界」シリーズの武器・防具などがもらえるほか、絵の中の【G・ピサロ】を移民させることができる。

DS版以降

DS版以降では、マップのほとんどの階層が新規のものに作り直された。
水中のフロアはなくなり、溶岩のあるフロアは後半部分から前半部分へ移動。やたらデカいサイズの家具がある部屋や吊橋のフロア、森林と毒沼のフロアなどがある。仲間会話でも一部を除いてそれに沿ったセリフに修正されている。
ただしフロア構成はPS版を継承しており、【山賊のアジト】を使い回したフロアだけはPS版からほぼそのままである。
また、PS版のいくつかのフロアでは可能だったカメラ回転ができなくなった。
　
途中に1箇所だけ、見えない通路を通らないと取れない宝箱がある。特にヒントも何もないので初見では分かりづらいだろう。
ピサロを連れてくると仲間会話で「なるほど、そういうことか」と言い、ミネアが水路の上が光って見えるとヒントをおしえてくれる。これで気がついたプレイヤーもいるかも知れない。
なお中身は【やすらぎのローブ】。
　
一方、出現敵については細やかなバランス調整を嫌ったのか、DS版以降でもDQ7の流用のままで、【じごくの番犬】が「じごくのばんけん」表記に変更された程度。待機モーションの追加など一部でグラフィックを新しく打ち直している。
使い回しを再現するために律儀に手間を掛けているあたり、まさしく「手の込んだ手抜き」。

GBC版モンスターメダルとの関係

GBC版DQ3は当初からDQ4のGBリメイクを見越して作られ、その関係かROMにDQ4のモンスターメダルデータが入れられている。
このことから、DQ7からのコピーではなくこれらのモンスターをPS版以降で使って欲しかったと言う声も少なくないようだ。
こちらで想定されていた隠しダンジョンがどんなものだったのかは不明だが、この没モンスターを見ると海洋生物系がかなりいるので、水辺を通っていった（ひょっとしたら船で突入？）可能性が大。