シェンムーⅠ
1986年、横須賀。
横須賀の郊外にある柔術道場「芭月武館」に現れた謎の男たち。
道場の師範である芭月巌が、深緑の中国服を着た男に対峙するも、圧倒的な強さで倒され、助けに入った息子の涼も簡単に押さえ込まれてしまう。
涼を人質にとった謎の男は「鏡はどこだ」と問い詰める。
やむをえず鏡のありかを答える巌。
龍の刻まれた“銅鏡”を手にいれた謎の男は巌に対して「お前が殺した趙孫明を覚えているな」と告げ、そのまま巌にとどめを刺す。
“銅鏡”を持って立ち去るその男は、部下に“藍帝”と呼ばれ、男の背中には、龍の刺繍が妖しく煌めいていた。
「愛すべき、友を、持て・・・」
巌の最後の言葉を胸に、復讐を誓った涼の長い旅が始まる。
シェンムーⅡ
父を殺した謎の男“藍帝”の手掛かりを求め、芭月涼は横須賀から香港へ到着する。
新たな仲間の助けを得ながら、紅秀瑛（コウシュウエイ）にたどり着くが、秀瑛は手掛かりを教えようとしない。
その後、“銅鏡”と“藍帝”について知る朱元達（シュゲンタツ）が九龍城に身を隠していることを知る。
仲間と共に九龍城に乗り込んだ涼は、香港と九龍城を裏から牛耳るチャイニーズマフィアの妨害を受けるが、朱元達のもとにたどり着く。
朱元達から“銅鏡”と“藍帝”に関する情報と得た涼であったが、藍帝に逃げられてしまう。
“藍帝”を追って桂林の白鹿村に向かう涼。
そこで涼は、自らの運命に大きく関わる少女と出会う。
父を殺した男の行方は？
２枚の鏡の謎とはいったい・・・