隠し要素

Wikiの情報自体がネタバレ気味なところはありますが、
エンディング関係など気にする人が多そうなものはこちらへ

パメラ登場について

パメラの登場シーンに関してはDS版とほぼ同じようです。
ユグドラ・ユニオンのセーブデータがある状態で、キーアイテムである
夢見の帽子、が手に入るシーン20以降にランダムで登場するようです。
ユグドラとの会話などはない模様？お互いにポーズトークで言及有り。

EXスキルについて

マリア、メリア、ユグドラの3人はキーアイテムを渡すことでEXスキルが使えるようになります。
EXスキル用のキーアイテムはシーン24の浮遊石というアイテムから回収できます。

高難易度について

難易度ノーマルをクリアで難易度ハード追加、ハードクリアで難易度ナイトメアの追加を確認。
第13騎士団によるとユグドラ編にはイージーとノーマルしか無いようです。
難易度が上がるごとに最初に持っている武器アイテムなどの数が減るほか、
難易度ハードでは2ライン、ナイトメアでは3ライン構築がクリア条件になります。
敵の弾の攻撃力も上がっていきます。
また、難易度ナイトメアではリトライをする事はできません。
DS版とは異なり全ての難易度でレベリングをする事ができます。

ユグドラ編とマリア編の違い

厳密には隠し要素ではないですが、ネタバレに近いのでここのページに記述します。
ユグドラ編のマップなどは基本的にマリア編と同じですが、一部に違いがあります。

• シーン23
  マリア編の隠しオブジェクトが無くなり、最初から階段が表示されています。
  その分宝箱、ガーゴイル像の復活後にキーアイテムが加わっているようです。
  以下それについてのコメントの引用です。
  『アクリーヌとスコッピオのキーアイテムは他のオブジェクトにランダムで入り、
  元々入っていたアイテムがガーゴイル像と宝箱の2回目で手に入るようです。
  なお、この二つのキーアイテムはガーゴイル像と宝箱の2回目に入ってる事もあります。』
  騎士のキーアイテムも含めてランダムかは不明ですが、ユグドラ編でキーアイテムを集めるときは慎重に。
• シーン23.5
  前述のように最初から階段が表示されており、ユグドラ編では分岐無しで23.5に進みます。
  聖杖についてはメリア編と同じ扱いで、入手したかどうかで若干のテキストの変化はありますが、
  エンディングなどの分岐には関わらないようです。
• シーン24
  浮遊石からEXスキル開放用キーアイテムが登場するのは同じですが、
  ユグドラ用のキーアイテムなため、違うアイテムとなっています。
• シーン28以降のユグドラ参戦ステージ
  マリアと違い、聖杖を装備する事が無いので性能の変化はありません。
• エンディングについて
  大きな分岐は無く、恐らく常にグッドエンドとなります。
  アリギエリの生存がエンディングに少し影響を与えるのはマリア、メリア編と同じです。

メリア編について

マリア編でゲームをクリアするとメリア編が選択可能になります。
ユグドラ編クリアではメリア編は登場しません。

エンディング分岐について

騎士のアリギエリが仲間になっている状態だとエンディングに影響を与える事があります。
トランソウルで魂をささげた場合はいない扱いです。
他の騎士についてはエンディングへの影響はないと思われます。

また、マリア編の２３話の右下の窪みを２度程ブレイクして隠しルートを見つけ、ある物を壊さない状態で見つけないと、ＧＯＯＤ ＥＮＤまで辿り着けません。

ユグドラ編にはエンディング分岐は無い模様？