IS
メインイベントの進行ルートの一つ。
2周目以降に【IRPO出動！キューブを追え！】を行い
各章ごとの分岐ルートによりイベントが進行していく。
| 章 | イベント | 発生条件 |
|---|---|---|
| 1章 | 【IRPO出動！キューブを追え！】 | 2周目以降 |
| 2章 | 【さまようキューブの脅威！群体を叩け！】 | メカ、モンスターチームと組むルート |
| 2章 | 【カエル大行進！飲まれたキューブを探せ！】 | 人間、妖魔チームと組むルート |
| 3章 | 【狂気の幻影！生命科学研究所の恐怖！】 | モンスターチームと組むルート |
| 3章 | 【術戦車再暴走！追撃のランデブー！】 | ラビットと組むルート |
| 3章 | 【キューブを巡る陰謀！罠を噛み破れ！】 | ドール、レンと組むルート |
| 3章 | 【迫る触手！深海の乱暴者を懲らしめろ！】 | サイレンスと組むルート |
| 4章 | 【創造を司る力！九つの指輪の真実！】 | 朱雀と組むルート |
| 4章 | 【宿命の双子！地獄の釜が開く時！】 | コットンと組むルート |
| 4章 | 【最終兵器出現！ヴァーチャル空間を制圧せよ！】 | レオナルドと調査するルート |
| 4章 | 【黒き死の翼現る！立て、鋼鉄の武者！】 | ラビットと調査するルート |
| 4章 | 【戦えアルカイザー！真の悪を撃滅せよ！】 | ドールの捜査を手伝うルート |
| 4章 | 【暗躍する仮面！美女は愛ゆえに死す？】 | レンの捜査を手伝うルート |
| 4章 | 【闇の迷宮へ！囚われの白き薔薇！】 | サイレンスと一緒に捜査するルート |
| 4章 | 【さらばヒューズ！アンリミテッドの誘い！】 | 単独で捜査の網を広げるルート |
ベースになったのはPlayStation版【SaGa Frontier】で没になった【ヒューズ編】で
それを元に【ベニー松山】が執筆した【サガフロンティア裏解体真書】の【8人目の主人公になりそこねた男 CRAZY FUSE ヒューズのクレイジー捜査日誌】を意識した箇所もある。
後に実装された【SaGa Frontier Remastered】のヒューズ編では、このキューブルートから逆輸入されたと思われるシーンも一部存在する。
ISEC
2023年12月21日より恒常イベント枠として実装。
ルールは「探索イベント」に準じ、マップ上に出現したクエストを選択する。
ただし報酬は初回クリア分のみ。
選択可能なルートはアップデートで順次実装。
物語区分としてはクロニクルに相当するが、コンテンツとしてクロニクルに入らなかった理由として考えられるのは物語の分岐が挙げられる。
旧作ではフリーシナリオの要素が強かったので物語中にしばしば選択肢が登場したが、本作のメインストーリーは一本道の長編なので選択肢のシステムがない。
したがって分岐を表現するにあたりこのような手法が取られたものと思われる。
難易度としては強敵イベントの通常～Exの中間といったところ。
またコンテンツ自体が探索系に分類されることから、物語系としては初の「全軍突撃･コンティニューが不可能」になっており、SUPPORTも使えない。