第一部
フリーのシステムエンジニアであるあなたは大学のメインコンピューターの点検に訪れた所、突如として電脳世界「ネビュラ・クラウド」の中に飛ばされてしまう。
ひょんな事から救世主の証たるデバイス「エクスカリバー」を手にしたあなたはネビュラの救世主として、ネビュラの危機に立ち向かっていく。
第二部
ネビュラを救い、無事に現実世界に帰還したあなた達。 しかし、“帰ってきた現実”にはネビュラにしか存在しない筈のウィザードが人間として存在し、様々な異常事態が起こっていた。
あなたは仲間達や再び手元に戻ってきたエクスカリバーと共にこの世界の調査を開始する。
それは新たな電脳世界を巻き込んだ戦いの始まりであった……。
第三部
アカシックでの戦いを終え、今度こそ現実世界に帰還したあなた達。 しかし、平凡な日々もつかの間、あなた達は再びネビュラに飛ばされてしまう。
どうやら、ネビュラに謎の領域が出現し、ネビュラのリソースを圧迫しているらしく、このままではネビュラが崩壊する恐れがあるらしい……。
あなた達はネビュラを救うべく、謎の領域「ドリーム」に向かうのであった。
第四部
究極のAIを巡る騒動から、数ヵ月後。ブラウ率いるガーディアンズは英雄たるエンジニアを再現したウィザード……あなたを作り出していた。
一方で、ネビュラの各地で「ドミネーター」と名乗る一つしか存在しない筈のエクスカリバーを所有した人物達が続出。中には外から来た人間であるダイバーの姿もあった。 ドミネーター達は各々が保有する領域を取り合い、不毛な争いを引き起こしていた。
アドミン達はドミネーターの対処に乗り出す。その中にはガーディアンズに加入したあなたの姿もあった。