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添付主なキャラクター一覧 
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サムス・アラン
幾多もの宇宙を救い、絶対不可能とされた任務を難なくこなしてきたフリーのバウンティハンター(賞金稼ぎ)。宇宙最強の戦士、銀河の守り手、伝説の賞金稼ぎなどの異名を持つ。
どんな場所でも活動出来るパワードスーツを纏い、強力なビーム、ミサイル、圧倒的パワーとスピードをもって敵を蹴散らす。更に優れた頭脳の持ち主でもある。パワードスーツはサムスと融合しているため本人の意思以外で脱がす事が出来ず、正しく無敵の強さを発揮する一方でスーツのままサムスが気を失うと誰も外科手術等が出来ず、結果的にフュージョンではそれが仇となった。
鋼鉄の精神力と並ぶ者なしの戦闘力、そしてどんな任務も淡々とこなす様から冷徹な人物と誤解される事もあるが、優しい心を持った慈悲深い性格。
基本的にゲームプレイ中に素顔を見ることはできない。しかし、特定の条件を満たしてゲームクリアした場合やムービーの演出などでエンディングなどでサムスの素顔を見ることができる。
金髪碧眼の女性で、恋愛とは無縁。また生身の状態でいることがほぼ無いため、素性やプライベートの一切が不明。
アダム・マルコビッチ
サムスが銀河連邦に所属していた頃の上司であり父親代わりのような存在。
『メトロイド フュージョン』からその存在が示唆されていたが、ゲームにおいて実際に登場したのは『メトロイド アザーエム』。厳格かつ常に冷静沈着だが決してマシンのような人間ではなく、まだ精神的に未熟だったサムスとに対して、任務発令の際には必ず「異論はないな？レディー」と声を描けるなどユーモアも持ち合わせる。
サムスのよき理解者であり、信頼関係を築いていたがとある任務で殉職。現在はスターシップのAIとしてサムスをサポートしている。
リドリー
反連邦機密犯罪テロ組織スペースパイレーツ軍の最高司令官。宇宙銃の悪党を恐怖とカリスマで纏め上げた。
筋肉質で紫を基調とした悪魔やドラゴンを思わせる姿を持ち大きな翼で空や宇宙を自在に飛び回る。耐久力も非常に高く核融合によって敵を消滅するプラズマビーム以外はほとんど通じない。
狂暴な見た目をしているが、狡猾で高い知性を持ち喋る事も出来る。サムスとは長い因縁があり、彼女の両親を殺害した張本人であり、幾度となくサムスと対決している。
鋭い爪や長い尻尾での物理攻撃の他、口から吐き出すプラズマは火炎放射やレーザーなど様々な撃ち分けが可能で、高い破壊力を持っている。
