シャドーモセス事件（MGS）

2005年3月・・・・・・・・・
アラスカ、フォックス諸島沖の孤島、シャドーモセス島にある核兵器廃棄所で演習を行っていた
ハイテク特殊部隊FOXHOUNDが突如として蜂起、島を占拠した。数百の核弾頭を手にした彼らの要求は「20世紀最強の傭兵」BIG BOSSの遺体。彼等は24時間以内に要求が受諾されない場合、核を発射すると通告してきた。

史上最大のテロ事件に、元FOXHOUND隊員ソリッド・スネークが呼び戻され、極秘裏に任務が下る。
核兵器廃棄所に単独潜入、人質として囚われたDARPA(ダーパ)局長、アームズ・テック社社長を救出、テロリストを排除、武装解除せよ。

タイムリミットは24時間。

ソリッド・スネークは独り再び戦場へと向かう・・・・・・。