EXTRA版ではゲームバランスの変更や新アイテム、新モンスターなどの追加が行われている。
次々と新要素が追加されているため、ここでは代表的なものを記載する。
ゲームバランスに影響しないもの
被ダメージ表示の変更
EBの被ダメージは4ずつ増減していたが、より実際のダメージに近い値が表示されるようになった。
アークリッドにジェアーノさんの色違い
EX用のニュースNPCとして緑色の占い師が配置された。
名前はまだなく募集中。
ゲームバランスに影響するもの
武器・魔法の性能調整
旧作および通常版で不遇だったものを中心に性能が向上している。
敵味方ともにダメージキャンセルしない
ゲージ減少中に追撃してもダメージが残るようになった。
キャラを育てた時により高いDPSを出せるようになったが、
連続被弾した時の被ダメージも大きくなっている。特に高位ザヴェラで顕著。
新アイテム「アーツクリスタル」
チャージクリスタルの色違いで、使うとブレスゲージを消費し技を放つアイテム。
CCと違い使用回数の制限はないが入手確率は非常に低くなっている。(友帽~紫犬レベルとのこと)
装備武器種の限定された技も存在する。
魔法書→チャージクリスタルへの変換ショップを追加
魔法屋にNPCが追加され、魔法書を同種のチャージクリスタルに変換できるようになった。
なお失敗することもある。
信仰派閥への寄付金システム
フォボスにて各派閥へ寄付を行うことができる。
これにより形骸化していた信仰派閥が機能するようになった。
派閥砦に新規モンスターの追加
新規モンスターが派閥砦内に配置された。
派閥砦内の新規モンスターを討伐することで敵派閥にダメージを与えることができるようになり、派閥争いが発生するようになった。
また、派閥の戦力により、戦闘環境やドロップアイテムが変化するシステムが存在するため、より自派閥に有利な状況を作り出すことが必要になった。