戦略自衛隊（J.S.S.D.F.）

セカンドインパクト後の2003年に起こった南沙諸島を巡る中国とベトナムの紛争を機に創設された日本国国防省直轄の組織。
劇中では「戦自」と略されることが多い。英名表記は Japan Strategy Self Defence Forces、略して J.S.S.D.F.。
B・C兵器やN2兵器を保有している。
バレンタイン平和維持体制の下で、陸海空の3自衛隊を国連軍に編入された日本にとっては、唯一の独立した指揮系統の部隊である。
その軍事力は国連軍（旧自衛隊）をも凌ぐともされ（主要大国の軍隊が名目上は国連軍の一部である為）、世界最強の軍隊に位置づけられる。
当初はNERVに開発途中の自走陽電子砲を提供する形で使徒殲滅に協力する事もあった。
劇場版ではサードインパクト阻止の為にNERV本部施設へ侵攻するも（日本政府と戦自には、NERVがEVAを使って人類滅亡を謀っているとしか伝えられていなかった）、EVAのパイロットとEVAとの物理的接触を阻止出来なかった事によりサードインパクトが発生し、制圧部隊は壊滅した。