上記分類の中にあるように細菌やウイルスに感染することによって発症するものもあるが、多くを占めるアフタ性口内炎についてはその発症のメカニズムとして以下のことが考えられている。
ただし、現在のところ正確には分かっていない。近年では、免疫学的異常がかかわっているのではないかとされている。
- 偏食による鉄分やビタミンの不足
- ストレスや睡眠不足
- 不正咬合や、歯ブラシなどによる粘膜への物理的刺激(口内を噛むなど)
- 口腔内の不衛生
- 歯磨き粉成分による粘膜の損傷(ラウリル硫酸ナトリウムなど)
なお、口内炎の原因として「食べ物の好き嫌いが多い」「胃腸粘膜が荒れている」という説があるが、これらが原因で無いこともある。偏食ならびに胃腸と口内炎とでは因果関係が認められない場合があるからである。
口の中はとても柔らかい粘膜で覆われています。口の中や唇を噛んだり、硬いものが当たったり、乱暴な歯磨きなどのちょっとした刺激によって傷ついてしまいます。これらの傷口から細菌が感染し、口内炎を引き起こすことも稀ではありません。