歯科や耳鼻咽喉科で行う。また、皮膚科や内科で治療してくれるところもあるただし全身的疾患の専門家による治療が第一である。
- 軟膏
ステロイドを含む軟膏(ステロイド剤)を患部に塗布する方法。アフタの部分を物理的刺激から軟膏の基剤で保護する意味もある。口腔用のデキサルチン軟膏が多い。 - バッチ(貼り薬)
患部に薬剤を含んだパッチを貼る方法。軟膏と同様、アフタの保護も期待できる。含まれる成分としてはステロイドのほか、ムラサキから抽出されたシコンエキスが使われている場合もある。 - ビタミン剤
ビタミンBの不足が原因の口内炎を治療するときに用いられる。主に内服薬として処方するが、注射や点滴などを用いて投与する場合もある。 - 硝酸銀
広く普及していたが毒性のある硝酸銀を用いること、場合によっては効果がないどころか逆に症状を悪化させてしまうこともあることから現在ではこの治療方法は稀である。 - レーザー治療
レーザー光を用いてアフタの部分を焼く方法。前述の硝酸銀を用いた治療よりも安全に患部を焼くことができる。 - その他
上記にあげた治療法以外にも患部の洗浄やトローチなどを用いた治療法があり、上記の方法を2種類以上組み合わせることもある。