隠し要素

機体、パイロット

魔神双皇撃早期追加

シークレットシナリオ「最凶VS最強」で地獄王ゴードンを撃墜時に追加。

マジンガーZERO

ホープスルート51話でマジンガーZまたはマジンカイザーがマップにいる状態でマジンガーZEROを撃墜。
撃墜後、甲児がZEROに乗り換える。

トッド・ギネス&ビアレス

下記のポイントを5以上獲得で加入。

ビルバイン夜間迷彩仕様先行入手

シークレットシナリオ「想いというオーラ」クリア後の選択肢で「ビルバインを夜間迷彩仕様に変更する」を選択。

ビルバイン追加武装「オーラシュート」

シークレットシナリオ「想いというオーラ」を通過した場合、対ドアクダールート第34話のイベント中または対ミスルギルート34話クリア後に追加。

ヤクトドーガ2機

第20話後分岐で宇宙を選択。
第21話でクリムとミックが使用し、そのまま置いていく。

マシュマー・セロ&ザクⅢ改

以下のうち一つを満たせば加入。
・第29話前半戦でジュドーでマシュマーを撃墜
・同後半戦でジュドーでマシュマーを説得・撃墜する。
・同後半戦でマシュマーで敵機を複数機撃墜する。

グレミー・トト&クィン・マンサ

下記のポイントを2以上獲得で加入。

対ドアクダールートの場合は合流後に、対レコンギスタルートの場合は43話クリア後に加入。

α・アジール

下記のポイントを2以上獲得で加入。

ナイチンゲール

シークレットシナリオ「赤い彗星の矜持」で入手。

マスク&カバカーリー、マニィ・アンバサダ&ジーラッハ、バララ・ペオール&ユグドラシル

上記のポイントを6以上獲得すると対レコンギスタルート第43話でマニィとバララがその場で加入。（気力130かつ改造度4状態のため、グレミー部隊と交戦させて撃墜数稼ぎが出来る）
また、同ルート45話でマスクが加入(対ドアクダールートの場合は何れも合流後に加入)。
5以下の場合でもホープスルートに行けば49話で必ず加入。
以降周回で、マスクの撃墜数はスポットで一時的に味方となる第20話「宇宙と大地と」でも稼げる。

謎のお爺さん

詳細条件は不明。
「第43話 それぞれの決着」にてF-91搭乗のシーブック（Gエース）のリミッター解除でマニィを撃破したところ謎のお爺さん（ガンダムシリーズの産みの親である富野由悠季監督か？）が出現して、強化パーツ「トミー・ビジョン」（気力130以上で、自軍フェイズ開始時、精神コマンド「必中」がかかる。）と「エクストラアームズ」（攻撃力が一番高い武器の攻撃力を5500に固定。攻撃力が5500以上の武器を所持している機体と合体攻撃には効果なし。）を励ましの言葉と共に置いていく。

ロックパイ・ゲティ&ガイトラッシュ

以下のうち一つを満たせば加入。
・第27話でラライヤ・リンゴ両名とロックパイが戦闘、またはそのどちらかでロックパイを撃墜する
・第43話(対レコンギスタ)でラライヤかリンゴでロックパイを撃墜する

加入時期は対ドアクダールート45話クリア後または対レコンギスタルート第43話クリア後。

キア・ムベッキ&ジャイオーン +αアジール

下記のポイントを3以上獲得で加入。

キアが登場しない対ドアクダールートの方が条件が楽なので注意。
キア加入時に妊娠で戦線離脱したクンがαアジールを置いていく。

アルフリード・ガラント&アルシエル(スポット参戦)、ビゾン・ジェラフィル&ネルガル &aname(j0e1539b,super,full);

ビゾン・ジェラフィル&ネルガルは対ドアクダールート選択の場合、自動的に参戦。
下記のポイントを5以上獲得で加入。第37話だけで条件を満たすことが可能。

シークレットシナリオ

想いというオーラ?

・第4話でショウがトッドを説得または撃墜する
・第12話でショウがトッドを撃墜し、クリア時にトッド加入ポイントを4以上獲得
以上の条件を満たせば発生する。

• シナリオ概要
  マーベルを「ロンドンの戦い」で戦死させているショウは彼女への想いを必要以上に募らせる。
  そんなショウとアンジュ、ヴィヴィアンたちは偵察任務の最中に魔従教団のゴーレムと遭遇する。
  マーベルへの気遣いでオーラ力を暴走させかけるショウをチャムが諭すのだった･･･。

（解説）本作は「聖戦士ダンバイン」終盤のドレイク軍との地上での戦いを「既に終えている」という設定。戦いの最終盤にシーラ・ラパーナの浄化のオーラ力ですべてのオーラマシンが地上からバイストンウェルへと消え去り、チャムだけが地上に取り残され、オーラバトラー同士の戦いに巻き込まれた地上人（空母勤務の米国兵）たちがチャムの語った物語を聞いた（ダンバインの冒頭でナレーションされるミ・フェラリオとは最終回でビルバインから投げ出されたチャムのこと）というのが「聖戦士ダンバイン」という物語。

最凶vs最強?

下記のポイントを2以上獲得で発生。最終ルート分岐のフラグにもかかわっている。

• シナリオ概要
  鉄也は甥っ子である甲児を特訓と称して連れ出す。
  鉄也の真の狙いは唯一無二のマジンガーという自意識を持つマジンガーZEROを誘い出すことにあった･･･。
  誘いに釣り出されたZEROは軍団を残して立ち去る。
  二人はZERO撃破のために「合体攻撃」を編み出すのだった･･･。

赤い彗星の矜持?

第35話でアムロとサザビーに登場したシャアが計5体以上の敵を撃墜すると発生。
なお、シャアが撃墜した敵の中にはマスク、バララ、ロックパイ、キア、ヤザン、ラカンの何れかが含まれている必要がある。

• シナリオ概要
  シャアは大佐としてエクスクロスに受け入れられつつあった。シャアとは死闘を重ねたライバルという立場のアムロ、シャアと共に戦った仲間というカミーユは複雑な想いを抱きながらも彼を静かに見守る。一方、ベルリはリギルドセンチュリーという時代のありかたそのものが「絶望」ではなく「希望」だと指摘。どんな経緯を辿ったとしても人類と世界とは存続し、地球は汚染前の美しい姿を取り戻す。シャアはそんなベルリに託すべき未来を痛感する。そんな中、ジュドーだけは納得出来ずにいた。シャアがハマーンを追い詰めてしまわなければ、自分がハマーンを倒すことにならなかったという無念。そうした中、シャアはホープスからある情報を得てジュドー、トビアを連れて出撃する。訝るジュドーをよそにシャアは年若い二人に託すべきものを感じ取っていたのだった･･･。

シュワルビネガーの秘密?

第41話クリア時にMagicカスタマイズを5段階以上解禁し、かつエースパイロットが10人以上いると発生。

• シナリオ概要
  エクスクロスは深刻な軍資金難に陥っていた。このままでは作戦行動も難しくなる。そんなとき、ワタルの出会った最初の敵であるシュワルビネガーがやけに羽振りが良く、カミナシティからあぶれた獣人たちを手下にして山賊をしているという噂を耳にする。彼らと遭遇したエクスクロスは金色に輝くはぐれゴーレムたちが彼らの資金源であると判断し、海賊（メガファウナは建前上は海賊船）行為に及ぶのだった･･･。

他のシークレットシナリオが隠し要素であるのに対し、このシナリオは資金調達。はぐれゴーレムとシュワルビネガーたちとで資金と経験値を補充という趣旨。「幸運」「祝福」「希望」が使えるパイロットを中心に編成して資金調達に励もう。

スペシャルシナリオ

魔装機神

初回特典版では第2話終了後、そうでない場合は第34話終了後に発生する。

最終ルート分岐とマジンガーZERO参戦

1周目では下記のポイントを5以上獲得で49話開始前に選択肢が発生。満たさなかった場合はエンデルートで固定となる。2周目以降は無条件で選択肢が発生。