シナリオ

光輝ルート　・　帝国ルート　・　闇ルート　・　放浪(独立)ルート

1～7章までは共通ルート。そのあとで分岐していく。
物語は8章と13章で大きく二回分岐し、8章で光輝ルートか帝国ルートを選んでいても、
13章ではそれを蹴って闇ルートを改めて選び直せる、というフローになっている。

ただしそこで闇ルートを選び直そうと、話の内容は8章時点で闇ルートを選んでそのまま進めていること前提となっている(※補完にあたるシナリオが無い！)。闇8～12章分のシナリオが歯抜け状態のままゲームが進み、それまでの経過も無視されるので、展開がわりと意味不明になる。困ったことにこれがバグでなく仕様。シナリオを少しでも楽しみたい場合、13章での闇ルート選び直しはやらないほうが良い。

8章時点で闇ルートを選んでいると、13章では放浪ルート（独立ルートとも呼ばれる）に進むことも出来る。この方法でしか放浪ルートには進めない。
また、放浪ルート以外の他3ルートでは、24章でも二択の分岐が有り（光輝と帝国ルートではクリア時、闇ルートでは開始時）、選択肢を間違えると25章には進めないまま、24章クリア後に即バッドエンドとなる。バッドエンドになろうと特にペナルティは無く、その後に周回プレイは可能。好きなエンディングを見よう。

フローチャート