主に第１話で解放可能になる、基本の拠点システム解説
個別ページが無い拠点関連システムの仮置き場にもなっているかもしれない
ユニット・アイテムの管理
拠点メニュー「ドクロ島に呼び出す」で召喚できる上限は、キャラとアイテムの合計で50まで。
キャラの場合は、「呼び出している＝出撃可能なパーティーメンバー」となるので注意。（前作と同様に、装備品は控えでも持ち込める）
その他、「絆（好感度）」を上げるためにプレゼントしたい場合は、渡したいキャラとアイテムを呼び出しておく必要がある。
拠点メニュー「控えに送る」で送還する場合は、キャラ上限が128、アイテム上限が2,000まで。
アイテムの場合は「商店」などでも（控えの）所持数や上限が表示されるが、キャラの場合は「控えに送る」時しか確認できない。
拠点仕事「キャラメイク」
仕事人：マローネ
「新たにファントムを呼ぶ」でユニット作成できる。
ただし、作成と同時に呼び出されるので、上限まで呼び出していた場合は事前に「控えに送る」で枠を空けておく必要がある。
作成可能な汎用キャラは、ストーリー進行などの条件を満たすと増えていく。
ゲーム内ヘルプのキャラ紹介で、「初期習得」となっているアクションスキルは、キャラメイクをした時のみ習得条件を無視して覚えた状態で加入します。
第１話で「斡旋業者」に仲間集めを頼んだ場合は、称号「ふつうの」が付いたキャラと装備が加わる。
それ以外では、マローネのレベルに対応したランクの称号が作成するキャラに付いてくる。
「属性耐性設定」は、合計値が0％以下になる範囲であれば、3種類の属性耐性を-100％から100％まで設定できる。
固有キャラでは初期値が固定の属性耐性を好きに変更できるので、「炎ダメージなら大幅に軽減できるが、他は……」という尖った盾役を作ることも可能。
キャラ作成で使う「霊験」ポイントは、使用するほど作成に必要な金額が増えてしまうが、その分だけ強く成長するユニットになる。
初期の「霊験」は3だが、同じ職業の仲間がいると8になり、レベル3なら10、レベル5なら11、というようにレベルが上がると少しずつ増えていく。
資金に余裕があるなら、「ユニット削除」を前提とした捨てキャラを作ってから本番キャラの作成をする、というテクニックもある。
ドリンクバーも併用すれば、途中参戦するキャラを即戦力にするのも夢ではない……かもしれない。
キャラメイクではHP・ATK・DEF・INT・RES・DEXしか強化できないが、「覚醒・転生」では属性耐性も「霊験」で強化できるようになる。
拠点仕事「記録確認」のキャラクター図鑑からしか確認できないが、実は「ユニット説明」も存在している。
作成した汎用キャラには、キャラ紹介として1行紹介×3がランダムで設定される。
各行は最大20文字までで、任意のテキストに上書き可能。
クラス紹介の3行も同様に上書きできるが、どちらもテキストリセットは存在しない(？)模様。
キャラメイクのメニュー「カラーの変更」は、味方キャラのカラーを後から変更できる。
エクストラカラーや追加衣装を使用可能な場合は固有キャラもリストアップされるが、1種類のデフォルトカラーしか選択できないキャラは表示されない。
キャラメイクの初期称号
| 称号 | マローネ Lv. | |
| 名称 | RANK | |
| 駆け出し | 1 | 1～ 25 |
| そこそこ | 2 | 26～ 50 |
| かなりの | 3 | 51～100 |
| 立派な | 4 | 101～500 |
| 一流 | 5 | 501～ |
キャラメイクの霊験
| 霊験 | 仲間レベル | 備考 |
| 3 | 0 | |
| 8 | 1 | |
| 9 | 2 | |
| 10 | 3 | |
| 11 | 5 | +2レベルで霊験+1 |
| 12 | 8 | +3レベルで霊験+1 |
| 13 | 11 | +3レベルで霊験+1 |
| 14 | 14 | +3レベルで霊験+1 |
| 15 | 18 | +4レベルで霊験+1 |
| 16 | 23 | +5レベルで霊験+1 |
| 17 | 28 | +5レベルで霊験+1 |
| 18 | 33 | +5レベルで霊験+1 |
| 19 | 39 | +6レベルで霊験+1 |
| 20 | 45 | +6レベルで霊験+1 |
| 21 | 52 | +7レベルで霊験+1 |
| 22 | 60 | +8レベルで霊験+1 |
| 23 | 68 | +8レベルで霊験+1 |
| 24 | 76 | +8レベルで霊験+1 |
| 25 | 85 | +9レベルで霊験+1 |
| 26 | 95 | +10レベルで霊験+1 |
| 27 | 105 | +10レベルで霊験+1 |
| 28 | 115 | +10レベルで霊験+1 |
| 29 | 126 | +11レベルで霊験+1 |
| 30 | 137 | +11レベルで霊験+1 |
| 31 | 149 | +12レベルで霊験+1 |
| …… | ||
| 49 | 450 | +21レベルで霊験+1 |
| 50 | 471 | +21レベルで霊験+1 |
| 51 | 493 | +22レベルで霊験+1 |
| …… | ||
| 69 | 974 | +31レベルで霊験+1 |
| 70 | 1005 | +31レベルで霊験+1 |
| 71 | 1037 | +32レベルで霊験+1 |
| …… | ||
| 99 | 2135 | +46レベルで霊験+1 |
| 100 | 2181 | +46レベルで霊験+1 |
| 101 | 2228 | +47レベルで霊験+1 |
| …… | ||
| 149 | 5070 | +71レベルで霊験+1 |
| 150 | 5141 | +71レベルで霊験+1 |
| 151 | 5213 | +72レベルで霊験+1 |
| …… | ||
| 199 | 9255 | +96レベルで霊験+1 |
| 200 | 9351 | +96レベルで霊験+1 |
| 201 | 9448 | +97レベルで霊験+1 |
| 202 | 9546 | +98レベルで霊験+1 |
| 203 | 9644 | +98レベルで霊験+1 |
| 204 | 9742 | +98レベルで霊験+1 |
| 205 | 9841 | +99レベルで霊験+1 |
| 206 | 9941 | +100レベルで霊験+1 |
ユニット削除
拠点で次の手順を踏むと、ユニット削除を実行可能。
- 削除したい汎用キャラを呼び出して隣接する
- （コマンド）ショートカットから「持ち上げ」を選び、キャラを持つ
- 削除可能なキャラの時だけ、しれっと画面右側の操作案内に追加される「ユニット削除」の割り当てボタンを押す
- 最終確認で「はい」と答える
装備していた称号と装備品は返ってくるが、覚えさせたアビリティは消失する（秘伝書化できない）。
Ver.1.24時点では、「称号」が所持上限でも「称号」の入手を諦めてユニット削除するかの確認後に実行できるようになっている。
拠点メニュー「装備」（ユニット一覧）
キャラにアイテムを装備させる事で、装備品を戦闘に持ち込めるようになる。
「出撃コスト」が増えてしまうが、ステージに左右されず装備品に応じたアクションスキルを使えるので、好きな戦術を運用しやすくなる。
ただし、装備品に付いているアクションスキルしか使えないのは変わらないので、「スキル習得」を上手く使おう。
「装備」優先なので戦闘中のステータス一覧とボタン割り当てが異なるが、キャラの一覧から「ステータス詳細」を呼び出すことができる。
拠点限定の「入れ替え」操作で、並び順を移動させることも可能。
「ALL」以外のカテゴリーやフィルターでの移動は、入れ替え対象のとなりまで「ALL」で移動させた場合と同じ場所までジャンプする。
拠点仕事「魂滅治療」
仕事人：ヒーラー
戦闘でキャラのHPがゼロになった後に、さらにダメージを受けるか場外になると魂滅状態になり控えに移動する。
魂滅状態だけは自動回復しないので、マナを支払って蘇生してもらう必要がある。
治療費のマナは、対象のレベルの10倍。
拠点仕事「商店」
仕事人：商人
ランダムの称号を持った武器(レア度2まで)と、レア商品を売ってくれる。
また、アイテムを買い取ってくれる。
レア商品には、以下のものが含まれる
・掘り出し物(通常商品よりもワンランク上)のアイテム(※1戦闘終えるまでは復活しない。)
・楽譜など武器以外(章のはじめに陳列)
・売ったアイテム(掘り出し物が変更・復活するタイミングで消滅)
・商人が戦闘で「仕入れ」を行ったアイテム(キープできるのは最後に仕入れた1個のみ)
基本的には、商人のレベルに依存して売られるアイテムのランクやレベルも上がっていく。
レベルを上げすぎて買い物難民にならないように注意。
ユニット・アイテムの強化
拠点仕事「スキル習得」
習得できる上限は、アクションスキルが99個、アビリティが10個まで。
装備の対応マスタリーとスキルの依存マスタリーで「アクションスキル」コマンドの使用可能なスキルが決まるというルールは変わらないので注意。
また、アイコンの色が違う固有系のアビリティは、1個にしておかないと全て無効になるので、「転生」した後は注意。
スキル整頓の「忘れる」は、スキルやアビリティを装備解除して非表示（封印状態）にする機能。
条件なしで戻す「再習得」を使うまでは戦闘で使用できなくなるが、新たに覚える枠を空けたりできる。
スキル整頓で「入れ替え」操作する場合は一部の挙動が異なり、1番目から最後（あるいは逆）に動かすと、1番目と最後のスキルの位置が入れ替わる。
拠点仕事「マリーナ」
仕事人：アプリコ
海賊船の強化・変更と、海賊スタイルの変更・ユニット割り当てが選択できる。
船員としてユニットを割り当てることで、それ以外の項目で選択した上昇量の強化を得ることができる。
マリーナで扱う海賊船については以下を参照。
拠点仕事「魔導合成」
仕事人：呪い師
コストを消費して強化したいアイテムの経験値や能力ステータスを補う「魔導合成」と、アイテムを消費（アイテム削除）してマナと称号を得る「マナ変換」をすることができる。
合成の法則やルール等について詳しくは以下を参照。
拠点仕事「覚醒・転生」
仕事人：マローネ
第８話で解放されるが、専用の特殊アイテム「チェンジブック」や「タマゴ」を用意する必要がある。
今作は、「転生」が汎用キャラ専用となり、マローネを含めた全キャラを対象にできる「覚醒」が増えている。
「転生」は、マスタリーや覚えた事のあるスキルやアビリティと装備などを引き継いで新たな職業・種族のレベル1になります。
「覚醒」は、職業・種族や属性耐性のバランス設定を変更できませんが、今のレベルを維持したままレベル1から成長し直す効果を得られます。
「キャラメイク」とは異なり、属性耐性の強化が解禁され、覚醒・転生した後の総レベルを基準にした量の「霊験」を振り直す事になります。
総レベルは、覚醒・転生をする時に現在のレベルが加算されていく、累積レベルの隠しパラメータです。
転生先の参考は転生おすすめルート
覚醒・転生の霊験
| 霊験 | 総レベル | 備考 |
| 8 | 1 | |
| 9 | 2 | |
| 10 | 4 | +2レベルで霊験+1 |
| 11 | 7 | +3レベルで霊験+1 |
| 12 | 11 | +4レベルで霊験+1 |
| 13 | 15 | +4レベルで霊験+1 |
| 14 | 19 | +4レベルで霊験+1 |
| 15 | 25 | +6レベルで霊験+1 |
| 16 | 31 | +6レベルで霊験+1 |
| 17 | 38 | +7レベルで霊験+1 |
| 18 | 45 | +7レベルで霊験+1 |
| 19 | 54 | +9レベルで霊験+1 |
| 20 | 62 | +8レベルで霊験+1 |
| 21 | 72 | +10レベルで霊験+1 |
| 22 | 82 | +10レベルで霊験+1 |
| 23 | 93 | +11レベルで霊験+1 |
| 24 | 105 | +12レベルで霊験+1 |
| 25 | 117 | +12レベルで霊験+1 |
| 26 | 130 | +13レベルで霊験+1 |
| …… | ||
| 49 | 620 | +28レベルで霊験+1 |
| 50 | 650 | +30レベルで霊験+1 |
| 51 | 680 | +30レベルで霊験+1 |
| …… | ||
| 99 | 2945 | +64レベルで霊験+1 |
| 100 | 3009 | +64レベルで霊験+1 |
| 101 | 3073 | +64レベルで霊験+1 |
| …… | ||
| 175 | 9779 | +115レベルで霊験+1 |
| 176 | 9896 | +117レベルで霊験+1 |
| 177 | 10013 | +117レベルで霊験+1 |
| …… | ||
| 246 | 19763 | +164レベルで霊験+1 |
| 247 | 19929 | +166レベルで霊験+1 |
| 248 | 20095 | +166レベルで霊験+1 |
| …… |
Memo. 9999 * 1: 霊験 176 (+176) 9999 * 2: 霊験 247 (+71) 9999 * 3: 霊験 301 (+54) 9999 * 4: 霊験 347 (+46) 9999 * 5: 霊験 387 (+40) 9999 * 6: 霊験 423 (+36) 9999 * 7: 霊験 457 (+34) 9999 * 8: 霊験 488 (+31) 9999 * 9: 霊験 517 (+29) 9999 * 10: 霊験 545 (+28) 9999 * 11: 霊験 571 (+26) 9999 * 12: 霊験 596 (+25) 9999 * 13: 霊験 620 (+24) 9999 * 14: 霊験 643 (+23) 9999 * 15: 霊験 666 (+23) 9999 * 16: 霊験 687 (+21) 9999 * 17: 霊験 708 (+21) 9999 * 18: 霊験 729 (+21) ……
拠点仕事「ガジェット」
仕事人：技師
ガジェットの開発・強化を行える。
拠点で制作できるジェットについては以下を参照。
ポスト
背景が共通していてヘルプなどでも拠点仕事として扱われているが、「拠点メニュー」からはアクセスできず、直接ポストを調べに行く必要がある。
届いた新聞や手紙を読んだり、ドクロ島のステージに再挑戦する事ができる。
また、「スペシャルコンテンツ」でDLCを適用したりできる。
スペシャルコンテンツ＞DLCを適用する について
DLCの購入時期と、実際にDLCを利用できる配信時期が異なる場合、後から追加されるDLCストーリーなどが「DLCを適用する」に表示されない場合がある。
その場合は、e-shopやPS Storeなどで、DLCのストリーリー等を手動で再度ダウンロードする必要がある。
ダウンロード後にソフトの再起動行うことで、「DLCを適用する」に追加ストーリーが表示されるので、表示された段階で「適用」を行うことで利用可能になる。
難易度
難易度変更案内人
初期状態では、海賊船が停泊している場所からドクロ島を挟んで反対側の離れ小島にいる。
話しかけると、今よりも下の難易度に変更できる。一番下まで下げている場合は、何もできない。
周回案内人
メインストリークリア後の要素。
取り返しのつかない要素があるため周回をする前に一度確認してほしい
ドクロ島に周回案内人のプリニーが出現する。話しかけることで敵を強くした状態で冒険を最初からやり直すことができる。
システムメニュー「セーブ」
通常セーブ枠は、15個。
ただし、新規セーブしないとそれ以降の番号が解放されない。