2周目

アイテム「チート」を所持し、ピコ麻呂をパーティーに加えてこ冥王を倒すと、「最終章：ニコニコ編」のメッセージのあと、セーブ画面が表示され、その後に2周目に入るかどうかの確認が行われる。ここで「はい」を選ぶと、再びオープニングからゲームが始まる。

なお、一時期のパッチではこの状況で冥王と戦うと、戦闘開始時にピコ麻呂が冥王を封印状態にし、技によって冥王を封印状態にした場合と同様、このあと冥王は反転していたのだが、Ver1.14E2からこの要素は取り外された。

2周目プレイでは、レベルやHPMPのドーピングはそのまま維持される。Ver 1.13Jのパッチから所持金や回復アイテムの持越しが選択により可能となった。また、ラピュタを倒せばアイテム「チート」も持ち越すことが可能となった。その他のアイテムや特技、攻撃力などの上昇効果は失われる。

Ver 1.17からの二週目モードについて

アイテム「チート」を所持してなくてもただ冥王を倒すと
「最終章：ニコニコ編」のメッセージのあと、セーブ画面が表示され
その後に2周目に入るかどうかの確認が行われるので
ここで「はい」を選ぶと再びオープニングからゲームが始まる。

2周目プレイでは、レベルやHPMPのドーピングはそのまま維持される。

チートを所持した状態で反転冥王を撃破した場合以下のサービスが選択可能に
Ver 1.13Jのパッチから所持金や回復アイテムの持越しが選択により可能となった。
また、ラピュタを倒せばアイテム「チート」も持ち越すことが可能となった。
Ver 1.17ではさらに奥義書、戦闘アイテムの持ち込み可能に
ただし、その他のアイテムや特技、攻撃力などの上昇効果は失われる。

2周目での変更要素

• 第6話に登場する魔王の攻撃に「グランドソード」「グランドソード開放」が追加される。
• 前周プレイで「神滅斬」を入手していると、第13話で言葉と戦闘になる。
• 条件によって第14話のNice boat.戦に魔理沙?、海馬?、言葉が参加する。