総合
＊Steam版については基本的にSwitch版とほぼ同じ仕様と思われるが、他にも違う点を見つけたら報告してください。
「Switch版」「Steam版」は「コンプリートBOX」とほぼ同じだが、一部異なっている点が存在する。
「Switch版」の変更点はオレンジで表示。（仮なので変更しても構いません）
「Steam版」の変更点はピンクで表示。（仮なので変更しても構いません）
スキルの調整
- 四季映姫の固有スキル「楽園の審判」(新たにコマンド版が追加・能力版がドリームモードで引き継げなくなった)「黒白の断罪」(自機ペアの攻撃力を変更する効果に)「喝！」(出撃時のパワー上昇が+10に強化)の効果変更。
- 聖輦船(霖之助)の固有スキル「在庫利用」の廃止・「回収アンカー」の追加。
- 豊姫の固有スキル「月仙桃」がレベル制となり、回復量が強化された。
戦闘関連
- 精神コマンド「連撃」が、援護攻撃で止めを刺した場合効果を発揮しない。
- 信頼補正が周囲8マスのキャラを参照する。(PC版の縦横隣接4マスに加え、斜めに配置したユニットからも入る)。
- 妖の記憶を複数装備しても効果が重複しない。※周回プレイ時
- 周回プレイ時に撃墜数が引き継がれる。（霊夢・魔理沙の旧衣装も全周回の合計で撃墜数が100以上なら現在の周回のみで条件を満たしていなくても入手できるようになった）
- 一度離脱したユニット（スポット参戦含む）がそのステージ中に復帰する場合、インターミッションで事前に強化やスキル習得、装備の変更などができない。※周回プレイ時
- 武器の「高速専用」「低速専用」「空中専用」「補給不能」特性の廃止。
- マップ攻撃で敵を撃墜してもアイテム（霊撃・点符含む）を入手できるようになった。
- 自身が参加する合体攻撃に援護攻撃出来る様になった。例：リリカ(援護攻撃取得)に隣接したメルランのプリズムコンチェルトに対し、リリカでプリズムコンチェルトで援護攻撃可。
- 合体時の三妖精および三姉妹、聖輦船、前衛時の一輪がユニットを撃墜した場合、撃墜数がサブパイロットにも加算される。
難易度の調整
- 霊夢ルート第1話の雑魚敵（妖精）の配置が変更（Normal+以下では6体に減少）。
- Lunaticのみ、キングイビルアイ(PC版53000/Switch版50000)、おおばけばけ(PC版31000/Switch版28000)のHPが低い。
- 霊夢ルート37話出撃前・魔理沙ルート40話クリア後に加入する萃香がPC版では2段階強化済みだったのがSwitch版では無強化で加入するようになった。※一見不利な変更点に思えるが、萃香が強制出撃の52話のパルスィのスペルに対しては有利になっている。
- 2周目以降の夢の章の三分割シナリオの60話・61話で村紗、一輪、阿求（単独ユニットとして加入した場合）が引継ぎの有無にかかわらず出撃可能になった（阿求のみ1周目も対象）。
- 秋姉妹の「スーパー秋姉妹キック・改」と美鈴の「彩光蓮華掌」の追加が65話クリア後から65話開始時に前倒しされた。
演出・メッセージ関連
- 中断メッセージの数が減少。
- 毛玉、イビルアイの戦闘時のセリフが無い。※公式設定でないキャラいじり、パロディ関連
- ヒソウテンソクのロケットナックルでにとり以外のキャラが叫ばない。※パロディ関連
- 71話開始時、部隊名命名イベントが無い。
- フォントの一部変更。（Switch版では数字およびアルファベットの幅がPC版より少し狭くなった他、会話パートの地名表記のフォントも変更）
- 各章のサブタイトル表示で、紅の章の第15話、妖の章の第34話、永の章の第55話、ドリーム・アゲインの第3話が「最終話」と表記される。※過去作（紅・妖・永・夢）と同じ仕様に戻った。
- ペア名の変更でプレイヤーが自由に命名することができない。
- 「WP（嫁レベル、嫁強化）」が「Ex-P（Exレベル、Ex強化）」に名称変更。
- 各ステージの「EX条件」が「ボーナス条件」に名称変更。
- シナリオチャートの仕様が変更され、各ステージの最小クリアターン数を確認できるようになり、新たに咲夜の章、ドリーム・アゲイン、メーコの章のあらすじも確認できるようになった。
- 各ステージのマップ画面でユニットアイコンが揺れるようになった。
- サブタイトルのふりがな廃止。
- PC版で妖夢の「冥想斬」で最後に攻撃を受けた側のシルエットがまっぷたつに割れる演出がSwitch版ではなくなった。
- 固有スキルの種別を表すアイコンの種類が増加。
- 咲夜のプライベートスクウェア発動時の演出がPC版では回避扱いだったのが、Switch版では分身扱いになった。
- 点符50000のアイコンの色が変更。（PC版では点符20000と同じ色、Switch版では点符100000と同じ色）
- BGM設定をインターミッション以外（タイトル画面やシナリオパート、ステージ中（出撃前・出撃後問わず設定可能。さすがに戦闘中は不可））でも行えるようになった。※タイトル画面から個別BGMの設定はできない。
- 個別BGMの設定で味方ユニットの戦闘BGMとして設定できる曲が増加。（ただし、「谷と河の底から～芥川龍之介の河童」は設定できなくなった）
- 過去作（永）の35話で聖輦船で味方を攻撃した際の会話イベントがコンプリートボックス版（PC）では削除されていたが、Switch版では再び発生するようになった。
PC版の不具合の修正
- 魔理沙ルート21話でサニー、ルナ、スターがSフォーメーションアタックを使えない不具合が修正された。（霊夢ルートでも20話から使用可能）
- Bルートに行くと霊夢の夢想天生と真・三色蓮花蝶が消える不具合が修正された。※ただし一度旧衣装に換装した後、新衣装に戻すと真・三色蓮花蝶のみ消える模様（魔理沙も同様）。霊夢の二重結界と二重結界強化が両方ある不具合も健在。
- メッセージなど一部の漢字が表示されない不具合がおおむね修正された。（ただし一部文字化けしている箇所あり）
- 2周目以降の霊夢ルート25話で、PC版ではコストに関わらず1体だけ引き継いだユニットが出撃可能だったが、Switch版では出撃不可になった。※おそらくPC版の仕様が不具合だったと思われる…が、PC版では一部のキャラに周回限定の会話イベントが用意されているので不具合ではない可能性もある。
- 第3話とBルート71話以降のあらすじが正しく表示されるようになった。
- こいしの気質によるパワー増減が正しく機能するようになった。
- 最終話で早苗が敵の名前を間違える不具合が修正された。※PC版ではネタバレを引き起こす原因になっていた。
- 強制出撃キャラの後衛を編成した状態でセーブしたデータをロードすると編成したキャラがペアから外された状態になる不具合が修正された。
- 2周目以降の35話でチルノと大妖精を引き継いでいなくてもチルノのバカルテットスペシャル及びチルノと大妖精のファイナルバカルテットスペシャルが使用可能になる不具合が修正された。※プレイヤーに有利な不具合
- PC版では一度Bルートをクリアした後、次の周をAルートでクリアするとメーコの「夢」及び羊コマンド習得フラグがリセットされていたが、Switch版では一度Bルートをクリアした後なら次の周をAルートでクリアした場合でもメーコの「夢」及び羊コマンドをすべて引き継げるようになった。※不具合か仕様かは不明
Switch版で新たに生じた不具合
- 音楽室:221番目の曲、「メーコ・ソニヤンド(Short)」がない。不具合？
- Bルートクリア時に、Bルートにのみ登場するキャラが幻想郷縁起に追加されない。不具合？
- 夜マップで、聖輦船or阿求に蛍火の珠を装備した状態で出撃させてステータス画面を見るor戦闘させると、確定でエラーが出る。※聖輦船と阿求に蛍火の珠を装備させなければOK。
Steam版のSwitch版からの変更点
- 英語にも対応。
- （Steamなので当然だが）実績システムあり。
- ユニット画面で剣と盾の有無を確認できるようになった。※過去作（紅・妖・永・夢）と同じ仕様が復活した。
- 特別篇のセーブをする時に本編のセーブデータに上書きしないよう注意文が表示されるようになった。