本作は独自のシステムを導入している。
パネルシステム
※詳しくはパネルスロットの項目を参照。
・本作では、アイテム、魔法、アビリティ、Lvなど、全てをパネルで管理する。
・「パネルスロット」でセットや確認が可能。「闇と光を紡ぐ庭（ロビー）」でのみ開ける。(DAY357以降はトワイライトタウンが役割を担う様になる。モーグリ屋も出現)
・ミッション中にパネルスロットを開くことはできない。
・パネルは「スロット」にセットすることで初めて効果を発揮する。
・パネルを装備して発動した効果は「発動アビリティ」で確認できる。
・アイテムは、スロットにパネルをセットした数だけ使用できる。
ただし使用したアイテムはパネルスロットからも消滅する。
例：ポーション3つをセットしてミッションに行くと、3つだけポーションが使用可能に。
ミッションが終わってもポーションはなくなったまま。
・魔法もアイテムと同じように、パネルをスロットにセットした数だけ使用できる。
魔法の使用回数はアイテムと違い、ミッション終了時に回復する。
・パネルは全部で200種類以上存在する。
リミットブレイク
- HPゲージが黄色い所まで減ると発動できる。（HPゲージの上に「LIMIT」と表示される）
- Aボタン長押しで発動。さらにAボタンで特殊技を繰り出す。
- 使用するたびに体力の黄色い部分が減り、より瀕死にならないと発動できないが、効果時間は長くなる。
- アビリティ「リミットアップ」を装備するとリミットブレイク使用時間が2倍になる。
- 特定の敵を倒したり、ミッションコンプリートすると残量に関係せずに強制的にリミットブレイクが終了する。