- 今作はミッションをクリアすることでストーリーが進行していく。
- ミッションは機関の拠点 闇と光を紡ぐ庭(ロビー)でサイクスから受けられる。
- ミッションにはDAY(期間)が設けられている。
- 規定ミッションクリアで次のDAYに移行する。
- ミッションにはストーリーが進行する「キーミッション」とそれ以外の「通常ミッション」がある。
- ミッションセレクト画面では、入手できるものや情報、報酬が確認できる。
- ミッションにはそれぞれ「ミッションゲージ」が設けられており、指定の条件クリアでミッションゲージがたまっていく。
- ミッションゲージにはノルマラインがあり、ゲージがそこまで到達するとミッションクリアとなる。
- 受領できなくなった過去のミッションは「ホログラムミッション」で行う事ができる。