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添付・バージョン4ストーリー
【遥かなる故郷へ】 - 【栄光の勇者と消されし盟友】 - 【赤き大地の双王子】 - 【砂上の魔神帝国】 - 【うつろなる花のゆりかご】 - 【遥かなる未来への旅路】
概要 
【Ver.4.4】のメインストーリー。
過去の世界を冒険していたこれまでのストーリーとは打って変わり、アストルティアが滅びた未来の世界が冒険の舞台となる。
予告映像ではこの時間設定に全く触れず（むしろ「6000年前のゴフェル計画」のフレーズが強調されている）、物語を追っていくことで初めてその背景が明らかになる形式となっている。冒険の舞台も移民宇宙船の内部であり、様々な部分でこれまでとは雰囲気が異なる、そして歴代のドラクエシリーズとしても異質なストーリーとなっている。
プレイするには外伝クエスト【栄光に隠された闇】のクリアが必須になっているが、前回と異なりこの外伝の後日談とはなっていない。
Ver.3以降のストーリーでは、中盤では一度過去から現代（ナドラガンドからアストルティア）に戻るのが定番だったが、今回はアルウェーンの狭さを考慮したのか、現代パートが長めにとられている。
そのこともあって非常に濃密なストーリーに仕上がっており、そしてドラクエ史上でもトップクラスのトラウマを植え付けてくれる。
今回は舞台が未来故かバージョン毎に追加されるシリーズクエストの【時を巡る命題】と【紅竜たちの記憶】の新話は配信されていない。
前回同様ボス戦は4回。
エンドコンテンツとの繋がりは無いが構造上、【神話篇】に関連したストーリーとなる。
ちなみに今回のボス戦は全て、前回の【ウルベア大魔神】【黒衣の剣士パドレ】同様、ボス戦前のカットイン時にBGMが停止することなく、イベントから戦闘まで通しで演奏され続ける。何故この仕様になったかは不明だが、以降のVer.もストーリー･クエスト共に全てこうなった。
新規BGMが一曲もないのも異例。敢えて言えば【精霊の冠】か。
新曲として恒例のフィールドBGMすら既存のものである（理由付けはちゃんとあるが）。
【ニンドリ】での青山・安西インタビューによると、未来に行くのは堀井の提案であり、その流れから【成田篤史】が「未来プクリポ」というパワーワードを出してストーリーが構築されたという（メインシナリオはVer.1のプクランド大陸担当と同じ）。*1
内容
エテーネ王宮での顛末
【賢者ルシェンダ】の執務室にて快復した【ファラス】から話を聞く主人公と【メレアーデ】。
【エテーネ王宮】への襲撃（Ver.4.0「遥かなる故郷へ」ラストシーン）で突如チカラを発揮した【マローネ】の赤子が時を渡り、それを守らせるためマローネはファラスを自らの残るチカラで送り出したという。
マローネの生存が絶望的となり、さらにルシェンダの口から【クオード】の死とその顛末も明かされ、メレアーデたちは【時見の箱】（【キュロノス】）に支配されていると思しき【パドレ】を救うために動き始める。
予言と新たな魔獣
メレアーデとファラスは【シンイ】に会いに行き、主人公は【ラグアス王子】からの呼び出しを受けて【メギストリス城】へ。
そこで語られたラグアスの新たな予知。
「時を超えた魔獣による滅びから救えるのはプクラス、古びた石版、主人公のみ」
プクラスなる人物は未発見だが、古びた石版の発見と主人公の活躍によりラグアスは予知の正しさを確信していた。
そこに【エピステーサ丘陵】の底なし穴の中に【終焉の繭】出現の報が入る。
【パルミオ博士】と【賢者ホーロー】と共に底なし穴に入るが、無限増殖する魔獣に対処できず退却。
それをラグアスへと報告していると古びた石版が突如動作を始める。
それは6000年前の【ゴフェル計画】の根拠にもなったという伝説の予言機【知理の石版】であった。
魔獣への対抗策を正常に表示できなくなってしまった石版を修復するため、主人公と【キュルル】は石版を触媒にそれが製造された年代へと跳躍をした。
支配された未来の町
到着した先では時空の乱れが激しく、キュルルですら正確な時間軸を把握できないという。
その【アルウェーンの町】は永世管理者【プクラス】と名乗る者と端末メカ【ペコリア】が町を管理しており、住人のプクリポは無気力で暗い顔をしている。
緊急モードで再起動した石版の導きに従い上層の管理棟へ上がると、外の景色は宇宙空間であった。
冷眠室でコールドスリープポッドを開放すると、永世管理者プクラスが目覚めた。
彼により石版が修復され、ここが主人公たちの時代より1000年以上未来の宇宙船アルウェーンであることや、知理の石版は宇宙船の管理タブレットと製造番号含め全く同じであることが判明する。
しかも宇宙船内は【複製体】の1体で管理タブレットを持つ【C141】の反乱により支配され、プクラスのコールドスリープ開放の停止、無限動力炉の停止、住人からのエネルギー搾取などが行われていた。
C141は【ペコリア】をけしかけ主人公たちを妨害。ペコリアたちは倒されても復活し、C141によりプクラスは再度スリープさせられ、主人公はゴミ処理場に投棄される。
プクリポの本能
（【鬼岩城】などでも現れた）主人公と同じ姿を持つ【謎の影】の助けを得て処理を免れ、下層の【自然遺産保護区】を探索し、【アストルティア博物館】のシステムでエレベータを再起動して管理棟へと向かう。
だが途中の扉に石版は反応せず、町の住人の同行が無いと入れなくなっていた。
住人に気力を取り戻させ仲間につけるため、手掛かりを求め一旦現代へと帰還する。
そこでシンイからパドレを正気に戻す方法がみつかったとの連絡が入る。
それは以前【クロウズ】の姿で彼が使用した【胡蝶の秘術】（【3匹の蝶】）であり、そのための【胡蝶の護符】?製作に協力することに。
対象と親しき者が護符を使うべしという話から、メレアーデからマローネの赤子と主人公が同一人物という説が挙がるも、決定的な証拠は無く一旦棚上げに。
製作待ちの間、【オルフェアの町】の人々や伝説の芸人【パノン】の協力を取り付けてホーローの記憶の結晶にお笑い芸の数々を録画。
これをアルウェーンの住人に見せることで本能を刺激し、一部の住人が感情と気力を取り戻した。
反乱の終わり
住人の協力により冷眠室へと向かい、プクラスを開放したうえでC141を追って無限動力炉に向かう。
プクラスの父パルミオを神と崇め、プクラスや住人たちを始原種と呼んで排除しようとするC141は、無限動力炉が持つ魔獣の力により無限増殖の力を得て【パルミオ2世】と名乗り主人公たちを追い詰める。
だがプクラスが管理タブレット（知理の石版）の無限増殖炉の自己増殖機能停止命令を利用してC141の増殖を止めたことにより、C141は主人公たちに討たれて事態は収束する。
そこに現れたパドレとキュロノスにより、無限動力炉のエネルギーが奪われてしまう。
さらに主人公を排除するためキュロノスに操られたパドレが力を放つが、キュルルが対抗して放った力により相殺。
キュロノスは新たな傀儡候補として主人公に興味を持ち去って行った。
無限動力炉が停止し、先ほどの力の衝突の余波でプクラスも行方不明になってしまった。
だが住人たちは記憶の結晶のお笑い映像により得た活力により、動力炉の再稼働を目指して自分たちで頑張っていくことを決意する。
変わらぬ未来
現代に戻った主人公の持つ知理の石版にプクラスからのメッセージが表示される。
プクラスが力の余波で現代の6000年ほど前に飛ばされたこと、もう戻れないためその時代で生きていく覚悟を決めたこと、そしてプクラスが持っていた管理タブレットがのちの時代で知理の石版と呼ばれて主人公の力になることを。
完成した胡蝶の護符を持って再度底なし穴の奥へと向かう。
石版の自己増殖機能停止命令で魔獣【増殖獣バイロゴーグ】の増殖を止め、撃破に成功した。
続けてキュロノスとパドレが現れたため、ファラスが身を挺してパドレを止めて護符を使用。
主人公はパドレの記憶に入り、マローネや子への想いを利用してキュロノスに洗脳された記憶に到達し、キュロノスを撃破することでパドレはついに正気を取り戻した。
だがパドレから受けた傷が致命傷となりファラスは亡くなってしまう。
キュロノスはパドレが解放されたことと主人公が手強いことから、代用の傀儡としてマローネを呼び出し共に去る。
これに激高したパドレは衰弱しているにもかかわらず、時獄の迷宮へ向かうと宣言し時渡りでキュロノスを追っていった。
数々の犠牲があり事態も完全には収束していないが、ひとまず今回の滅びの危機は去った。
解散となり皆が去ったところで、ラグアスは新たな予知を見て驚愕する。
「そんな馬鹿な！ 主人公や僕達がどう足掻こうと… アストルティアは滅びるのか…」
