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添付アビリティというシステムは登場しないが、戦闘中一定条件下でアビリティと同等の効果を得られる「エネミーカード」が登場（前作でアビリティとして扱われていた多くの技は、本作ではストック技に分類されている）。
ノーマル敵のエネミーカードは、ソラ編では該当のエネミーを最後に倒すと2～4％の確率でドロップする。リク編では各ワールドでのデッキに自動的に組み込まれる。ボス敵のエネミーカードは特定の戦闘で倒すと100％ドロップする。
複数のカードを同時に使用することはできず、別のエネミーカードを使用すると、効果が上書きされる。
また、一部のエネミーカードには属性に対する相性を変化する効果がある。
Re:COMでは「スペシャルカード」が追加された。
■：ソラ編のみ
■：リク編のみ
COM 
エネミーカード
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Re:COM追加・変更
エネミーカード
| エネミーカード | 効果名 | 相性の変化 | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| 物理 | 炎 | 氷 | 雷 | 無 | ||
| ダークボール*1 | カードブライン→デュエルトリガー | |||||
| ゼムナス | クイックバリアー | 半減 | 半減 | 半減 | 半減 | |
| シグバール | ショットチャージ | 半減 | 半減 | 半減 | 半減 | |
| ザルディン | エアロガード | 半減 | 半減 | 半減 | 半減 | |
| ゼクシオン | コンフュストライク | 半減 | 半減 | 半減 | 半減 | |
| サイクス | コンボブースト | 半減 | 半減 | 半減 | 半減 | |
| デミックス | ウォーターチャージ | 無効 | 半減 | 半減 | ||
| ルクソード | オールブレイク | 半減 | 半減 | 半減 | 半減 | |
| ロクサス | ダブルヒット | |||||
