ストーリー

メインキャンペーン

リアッセンブル

物語はアベンジャーズ創設メンバー（キャプテン・アメリカ、アイアンマン、ハルク、マイティ・ソー、ブラック・ウィドウ）がサンフランシスコの第2本部の除幕式典を行っていたところから始まる。式典はタスクマスターによるテロ攻撃を受け、ゴールデン・ゲート・ブリッジと街の大部分が破壊された上にキャプテン・アメリカが死亡するという結末を迎える。さらにヘリキャリアのテリジェン・クリスタルが破壊されたことによりテリジェン・ミストが蔓延し、式典に参加していたカマラ・カーンを含む無数の一般人がインヒューマンと呼ばれる超能力者へと変貌してしまう。この惨劇を咎められたアベンジャーズは解散を余儀なくされる。
それから5年後。再建されたサンフランシスコはジョージ・タールトン / モードック率いる科学組織A.I.M.（アドバンスド・アイデア・メカニクス）の管理下に置かれ、アベンジャーズを含むスーパーヒーローは非合法化されていた。世界が再び危機を迎える中、若きインヒューマンのカマラ・カーンは自身の新たな超能力、そしてA.I.M.に関する衝撃的な陰謀を発見する。彼女は地上最強のヒーローを再結集させ、A-Day事件の黒幕を暴くための行動に移る。

拡張キャンペーン

AIMを狙え

タールトンの陰謀を阻止した頃。謎の磁気嵐"タキオンストーム"が世界各地で発生し、アベンジャーズは調査中に謎の通信を傍受する。
向かったアベンジャーズは5年前に行方をくらませたケイト・ビショップと再会。行方不明になっていたニック・フューリーとホークアイの手掛かりを掴んだケイトと共にモニカの新たな陰謀に立ち向かう。

不完全な未来

「AIMを狙え」から数週間後、救出されその後昏睡状態になっていたホークアイ（クリント・バートン）だったが、その間にタキオンストームの影響で未来の自分が見た荒廃した世界を現実のように体感する。
前回のストーリーでの「A.I.M.」への協力や上記の夢で見た光景からモニカの計画「プロジェクト・オメガ」の失敗を確信したクリントは、アベンジャーズと共に未来に置いてきたニック・フューリーの救出とモニカの計画を頓挫させるためにピム博士の作ったタイムマシンで未来の世界へと向かう。

ワカンダの戦い

「A-Day」以降、外部との関わりを一切断ち2度目となる鎖国をしていたアフリカの技術的先進国ワカンダ。
それから5年後、ユリシーズ・クロウという科学者が傭兵軍団を率いてワカンダでのみ採れる金属、ヴィブラニウムを狙って侵攻してくる。
ワカンダの王であり守護者ブラックパンサーでもあるティ・チャラはこれに立ち向かう。その頃、アベンジャーズも世界中に出現した汚染ヴィブラニウムへの対処のためにワカンダへ協力を要請しに来ていた。

ヒーローイベント

大いなる力で（PlayStation限定）

世界征服を企むA.I.M.は新たな技術でシンソイド軍団の無敵化を目論んでいる…A.I.M.の新計画を知ったピーター・パーカーはアベンジャーズと協力しながら、この脅威を何としてでも阻止すると誓う。
彼は正体を隠しながらスパイダーマンとしてミズ・マーベルやブラック・ウィドウとの間で一時的ながらも友情を築くが、普段は一人で行動しているためチームの一員として他のメンバーと共闘することに戸惑う。
スパイダーマンはアベンジャーズのメンバーとして正式に加入するのか？それとも、一人でA.I.M.との戦いを続けるのか？