超次元現象（SDP）と新たな同化現象
『EXODUS』では、キールブロック内におけるゴルディアス結晶の出現以降、パイロットに超次元現象（SDP）と新たな同化現象が発現している。SDPは機体およびパイロットごとに最適化された固有のものであり、搭乗するパイロット同士を入れ替えた場合、SDPの出力も低下（不完全な状態で発現）する*1。
なお、ゼロファフナーのみ各々の搭乗者のSDPを発揮できる事が後に明らかになっている。
作中では、パイロットの身体に起こった現象が生命を守るための部分的同化と肉体の変貌であると言及され、その原因の大元がゴルディアス結晶にあると推察されていた。
後に近藤剣司の閃きにより、新同化現象を引き起こす場所がファフナーに一番近い場所である指と脳である事、そして指輪の痕（末梢神経に起こる小規模な同化現象）と同様の現象が脳のダークフロアのR複合体、すなわち変性意識に関わる部位で生じていた事が判明。
ただし、指と脳の因果関係は明らかになっておらず、現時点では未だ明確な治療方法は確立されていない状態にある。
また、新同化現象の進行によって、人としての姿を失ったり消滅（事実上の死）を迎えたケースもあり、従来の同化現象がかなり進行していた場合は新同化現象を発症する前に肉体が結晶化する事もある。
なお、SDP・新たな同化現象は共に、防衛のため島に残留しているパイロットのみに表れており、派遣部隊として島を離れたパイロット（真矢、広登、暉）には同様の現象は起こっていない*2。
| パイロット（機体） | SDP（名称は竜宮島回覧板EXODUS第7号参照） | 新たな同化現象 |
| 立上芹 （マークツヴォルフ） | 再生【リバース】 機体とパイロットの不死化およびそれに伴う同化 | 同化結晶の出現 |
| 西尾里奈 （マークノイン） | 増幅【アクセル】 火力の異常増幅 | 嗜眠症【レタルギア】 戦闘時以外は激しい睡魔に襲われる |
| 御門零央 （スサノオ） | 消失【ロスト】 一次元に潜り込み一瞬で消失・移動 | 肉体の部分的消失・拡張 （心臓部分を中心に消失） |
| 水鏡美三香 （ツクヨミ） | 壁【ウォール】 二次元体による防壁形成 | 肉体への球体出現・増加 （全身が砕けて黒い球体となる） |
| 鏑木彗 （アマテラス） | 引き寄せ【アポート】 武器等の瞬間転送 | 肉体の質量増加 （元々52kgだった体重が100kg超に増加） |
| 要咲良 （マークドライ） | 機体（トルーパー・モデル）の分裂 | 体温の低下（平熱が29℃に低下） |
| 羽佐間カノン （マークドライツェン） | 可能性として起こり得る未来の予知 | 肉体の質量減少 （体重が30kg台に減少、最終的に消滅） |
| 近藤剣司 （マークアハト） | 損傷した機体や武装の再生 僚機の同化現象のカバー | 感覚の喪失 （温度感覚や痛覚が消えて行く） |
| 春日井甲洋 （マークフィアー） | フェストゥムに対する毒性の発揮？ | 不明 |
| 西尾暉 （ゼロファフナー） | 増幅【アクセル】 西尾里奈と同じ火力の異常増幅 | 不明*3 |
| 来主操 （マークドライツェン） | 体感時間の拡張？ | 不明 |