始まりの洞窟

おや？
目の前にあるたて穴から
あたたかい空気がわき上がっています。
この下はいったい･･････?
あれれ･･････なんだかお二人とも
不安そうな顔をしていますね。
大丈夫!!リーダーの隊列のピクミンは
いっしょについてきてくれますし、私も
探査ポッドを分離してついていきます!
穴に近づいてAで穴に飛び込みます!

始まりの洞窟

略称EC（Emergence Cave）。

２日目以降に入ることになる洞窟。
今作で最強との呼び声高い紫ピクミンと初めて会うことのできる洞窟でもある。

一度でもスフィアマップを回収すると、洞窟から脱出した直後に１日が強制的に終了するため注意。

通常は１度入って終わりだが、短期間クリアのテクニックとして、スフィアマップを回収せずに何往復かすることで紫ピクミンを確保する、というものがある。
紫ピクミンをあらかじめ一定数揃えておくことで、めざめの森でけだものの穴に寄らずとも白い花園に直行することができるようになる。

お宝名称（価値,重さ）と表記。

地下１階

マップ固定。

ユキチャッピー等の小型チャッピーは背中にピクミンをうまく投げ当てると一撃死させることができる。
ユキチャッピーが群れている場所では、隊列移動で攻撃するよりもピクミンを投げて攻撃する方が安全。

Switch版ではかわきのエンブレムの見た目が変更されている。

地下２階

マップ固定。

ポンガシグサ（20匹制限）は、文字通り当該ピクミン（同じフロアに降りてきた者・ロケットに待機している者の合計）が20匹を超えると出現しなくなる。

短期間クリアを目指すなら、ここで紫ピクミンを19匹まで増やしておこう。
けだものの穴地下２にもムラサキポンガシグサ（20匹制限）が２つあるため、効率良く紫ピクミンを集めることができる。