初回放送形態
第25話・第26話を最終話「蒼穹~そら~」として一挙一時間で放映(どの放映地域も同様)。
アバンも第1話から第24話でをまとめた特別仕様となっている。
2012年に発売されたBlu-ray BOXに放映当時のフォーマットver.が収録されている。
ファフナー部隊を見送る島民たち
乙姫の寿命
島のシステムとして12年間岩戸の培養液の中にいたため、乙姫は外界では長く生きられない。
第17話の時点で、千鶴からは最長3ヶ月しか生きられない事を告げられている。
大気圏突入部隊
本編ではスポットが当てられていないが、人類軍には宇宙戦仕様のファフナーも存在する。
コクピットモニター
ジークフリード・システム(プロトタイプ)を分割搭載した事で、モニター表示も変わっている。
新装備
蒼穹作戦に伴い、マークドライ?、マークアハト?には小型のイージスが装備されている。
防御効果こそはマークフュンフ?のものと変わらないが、防御面積は狭い。
人類軍機体
グノーシス・モデルの他にメガセリオン・モデルと思しき機体が見える。
作画修正
一騎「皆、陣形を縮めろ!」の辺り。
岩戸へ向かう乙姫
白い布は花嫁衣装をイメージしたものであるらしい(メモリアルブック設定画より)。
なお、岩戸へ向かう際、史彦、千鶴、芹、里奈の4名は礼装になっている。
カノン「前はどこにもいなかった。だが今は、ここにいる!」
カノンはこれまで「あなたは、そこにいますか?」の問いに対し「前はいたが、今はもういない。」と言い続けていた。それは竜宮島に住み始めてからも自分の本当の居場所が分からなかったため、第20話の甲洋と対峙した時も回答は変わらなかった。
だが第24話の容子との約束で、ようやく竜宮島が本当の自分の居場所となったため、スフィンクス型の問いに対し「前はどこにもいなかった。だが今は、ここにいる!」と力強く答えている。
ED
本編映像とクレジットが並行している。クレジットはスクロール形式。
なお、これはDVDのみの仕様で、TV本放送時はEDも次回予告も流れていない。