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添付アルヴィス（竜宮島）のファフナー 
ノートゥング・モデル
アルヴィスに配備されているファフナー。戦闘能力、陸海空への適応力が共に高いが、操縦には極めて強固なシナジェティック・コード形成が必要であり、適合者は少ない。
機体にミールのコアを内蔵しているため、乗れば乗るほどパイロットたちに負荷を与える諸刃の剣的側面も持ち合わせているが、運用以降も幾度も改良が重ねられた事で、同化現象によるパイロットの死亡率激減に成功している。
島外派遣に参加せず、島の防衛についている機体については、第三次蒼穹作戦に伴い更に改修が施され、エインヘリアル・モデルとなっている。
マークドライ
ノートゥング・モデル3番機。パイロットは要咲良。
当初は咲良の引退に伴い無人機開発に使用されていたが、第13話にて咲良がレギュラー・パイロットに復帰した際、無人機を駆るスレイプニール・システムを搭載し、戦線に投入される。
エインヘリアルモデルに改修され、SDP「増殖」が強化されている。
マークフィアー
ノートゥング・モデル4番機。パイロットの春日井甲洋とともに第19話より登場。
「毒」と喩えられるSDPを操り、ワームスフィアを剣や砲弾に変化させる。その攻撃は強固な防壁と高い耐久力を併せ持つアザゼル型にも一定の有効打となり、小型フェストゥム程度であれば接触すらできずに体組織が崩壊してしまう模様。
マークフュンフ
ノートゥング・モデル5番機。パイロットは堂馬広登。大型シールド・イージスを搭載した防御特化型。
本作ではイージスに射撃武装が追加されている。
マークジーベン
ノートゥング・モデル7番機。パイロットは遠見真矢。
本作では空戦でも使用可能となった新型ドラゴントゥースを装備している。
マークアハト
ノートゥング・モデル8番機。パイロットは近藤剣司。
パイロット不足を案じて、ジークフリードシステム担当から、ジークフリードシステム内蔵のこの機体に乗り換えた。
他の島防衛組と同じく、エインヘリアルモデルに改修され、SDPによる新同化現象で苦しむ咲良の負担を和らげる為ドライと同じスレイプニール・システムが搭載された。
SDPは「薬」20話で発現し破損したマークノインの左腕とメデューサを再生した、同化されかけた味方の肩代わりもできる。
マークノイン
ノートゥング・モデル9番機。パイロットは西尾里奈。主な武装は火炎放射器サラマンダー。
第5話以降はサラマンダーに代わりメドゥーサを使用している。
エインヘリアルモデルに改修され、SDP「増幅」と島の動力に直結したメドゥーサによる大火力で第三次蒼穹作戦を戦った。
マークツェン
ノートゥング・モデル10番機。パイロットは西尾暉。
ドラゴントゥースによる遠距離からの狙撃支援を得意とする。
マークツヴォルフ
ノートゥング・モデル12番機。パイロットは立上芹。
頭部に装備したショットガン・ホーンによる頭突き攻撃が特徴の他、レヴィンソードによる斬撃も行う。
エインヘリアルモデルに改修され、SDP「再生」と、それに伴う同化能力が強化されている。
マークドライツェン
ノートゥング・モデル13番機。パイロットは羽佐間カノン。
当初はカノンの引退と共に使用されていない状態だったが、第13話においてカノンのレギュラー・パイロット復帰に伴い戦線に投入された。機動性に優れ、低空飛行も可能。
カノンのSDP「予知」発現にともない、格納庫に居ながらにして未来の時空で戦闘を行い、大きな役割を果たした。
マークエルフ改／スサノオ
マークエルフを元に建造されたノートゥング・モデル14番機。パイロットは御門零央。
主武装はルガーランスとレヴィンソードによる二刀流。
エインヘリアルモデルに改修され、SDP「消失」を駆使した戦闘を行う。
マークフュンフ改／ツクヨミ
マークフュンフを元に建造されたノートゥング・モデル15番機。パイロットは水鏡美三香。
当初の機体カラーはフュンフと同じ色であったが、美三香の希望によりピンク色に塗装し直されている。
イージスの元々の機能である防御と射撃だけに留まらず、振り回す事でエネルギーシールドの端部で刀のように敵を斬り付ける。
エインヘリアルモデルに改修され、SDP「壁」により大幅強化された二次元障壁をイージスから展開して防衛の要となる。
マークゼクス改／アマテラス
カノンが組み上げていた白色のノートゥング・モデル16番機。パイロットは鏑木彗。
主武装は銃と剣が一体となったガンドレイクだが、しばしば投擲攻撃を行い、さらにレージングカッターを巻き付けて引き金を引くといったトリッキーな戦法も見せる。空戦型である事から、フェストゥムを彦島まで誘い込む囮役を担っている。
元になったものは、無印第6話にてパイロットもろとも自爆し、欠番機となっていたノートゥング・モデル6番機。
エインヘリアルモデルに改修され、SDP「転移」が強化され、第三次蒼穹作戦での鍵となった。
エインヘリアル・モデル
羽佐間カノンが自らのSDPで視た未来の情報を元に設計した新たなファフナー。第三次蒼穹作戦に伴い、島外派遣されていないファフナーはこれに改修されている。
そのコンセプトは「少しでも長い間ファフナーに乗れるようにする」ことで、同化現象の負担は大幅に軽減されている。
また、パイロットと機体に固有に発現した超次元現象(SDP)の強化を可能にする「カノン式アクセラレーター」を搭載、SDPに呼応して胸部装甲の一部等が展開、これが露出し、赤く発光し回転するのが外見上の大きな特徴である。
島のミールとのクロッシングも可能なようだ。
ザルヴァートル・モデル
元はミツヒロ・バートランド、日野洋治（二人とも日野美羽の祖父にあたる）によって開発された人類軍製の機体だが、紆余曲折を経て現在は両方共にアルヴィスが所有している。
当初はザイン、ニヒト共にアルヴィス内に厳重に隔離されていたが、後に覚醒した織姫の命を受け、両機がシュリーナガルへ追加派遣された。
また開発に携わった両名の亡き後も、人類軍は3機目のザルヴァートル・モデルを独自に開発している。（そちらについては「人類軍のファフナー」の節を参照）
共通した特徴として物体の同化能力、機体の再生能力などが挙げられる。武器を同化して機体と直結させる事で出力を増強させたり、破損した部位を自己修復したりできる。
マークザイン
日野洋治の命を受け、マスター型フェストゥム「ミョルニア」の手によって真壁一騎の搭乗機として送り届けられた。その後、機体の暴走による変異を経て現在の姿となる。アルヴィスの保有する機体の中では無類の強さを誇るが、同化促進も相応に高い。
『EXODUS』では他のパイロットとのクロッシング不全に陥っている。また機体の変質を受け入れられる精神が求められるため一騎にしか扱えず、作中当初ではアルヴィス内部にて隔離されており、コア摘出後に機体は破棄される予定となっていた。
同化強化したルガーランスによる従来の戦闘に加えて、広大な都市一つや、ミールに等しい力を持つアザゼル型フェストゥム（しかも他の個体を捕食し強大化している）を単機で同化しきるなど、3機のザルヴァートルモデルの中でも同化能力に特に秀でている。
元々は「1人でも多くの兵士を救う」というコンセプトで開発されており、それに相応しく、同化現象の肩代わり（言わば他者に発症した同化現象をザインが同化吸収する）といった芸当を見せ、人類軍兵士からは「奇跡」と称された。
なお、ルガーランスはザインの能力の発振機と化している節がある。
マークニヒト
元は人類軍によって運用されるはずだったが、マスター型フェストゥム「イドゥン」に同化され、アルヴィス・人類軍双方に対して猛威を奮う。第一次蒼穹作戦において一騎と総士によってその存在をマークザインに封印されていたが、『HEAVEN AND EARTH』にて変異した姿で顕現した。
変異前はマークザインと同型機だったが、名前に「ニヒト（nicht）」を冠し、「1体でも多くの敵（フェストゥム）を倒す」という対照的なコンセプトで開発された。（開発当初からザインと比べて重装甲であるなどの差異があった）
アルヴィス内部の石棺を模した施設に隔離封印され、総士達によって解体が試みられていたが失敗に終わっていた。総士からはしばしば「虚無の申し子」と呼ばれる。
織姫の命を受け、総士と共に実戦投入されると、パイロットの能力も加わり、まともに戦えるのはアザゼル型のみという強さを誇る。
ホーミングレーザーと同化ケーブル、さらにワームスフィアとその変形(雷状、ディアブロ型から学習した円盤状)を攻防に駆使する攻撃的な戦闘スタイルは、フェストゥムの殲滅という機体コンセプトを体現している。
トルーパー・モデル
マークドライの戦線復帰と共に投入された無人機。全4機が存在する。
スレイプニール・システムにより、マークドライのコアと同調し、行動する。
マークドライのSDPの対象でもある。
人類軍のファフナー
ザルヴァートル・モデル以外の各モデルは陸戦・空戦・汎用の3タイプがある。また陸戦型が2種類あるパワーズ・モデルのように、同タイプの中でもさらに複数種に分かれているケースもある。
基本的には各タイプごとに異なるカラーリングとなっているが、ペルセウス中隊に所属する機体は青色、アルゴス小隊に所属する機体は黒色で統一されている。
ザルヴァートル・モデル マークレゾン
マークザイン、ニヒトに次いで人類軍が建造した薄黄色のザルヴァートル・モデル3号機。コードネームのレゾンは「理由」を意味する。
テストパイロットを同化してしまうなど、これまで開発された2機と同じく扱いづらい機体のようだ。捕虜となった遠見真矢による起動テストを経て、人格制御下にあるジョナサン・ミツヒロ・バートランドが搭乗。
マークザイン、ニヒトのような変異は経ていないが、両機の特徴である武器の同化による威力増強や機体の自己修復などの能力は既に有している。
コアを含め、鹵獲したマークフュンフがベースとなっているためイージス装備を有し、肩関節や上腕などの形状にも面影が残る。だがシールドの出力は大幅に向上しており、（同型機ツクヨミのSDPと酷似した）巨大かつさらに強固なものとなっている。
ニヒトのものに類似した両肩のユニットからはホーミングレーザーに加え、丸鋸形ワームスフィア、ワームウェッジも撃ち分けられる。背部にはルガーランスと似た構造の長剣を2本装備し、手持ち武器として使うだけでなく、背部に装備したままでも前方に展開する事で大火力のエネルギー砲として機能する。
また明確な言及こそないが、ゼロ次元移動で回避する標的に出現場所を予測したような攻撃を仕掛けたり、マークレゾンの攻撃で機体が損傷するとSDPによる再生やザルヴァートル・モデルの自己修復が遅くなるなど、アルヴィスが保有するファフナーのSDPの殆どを兼ね備えていると思しき節がある。
そのほか、アザゼル型フェストゥム「ベイグラント」の端末機のように働き、ベイグラントの光線による同化をマークレゾンが仲介した事もある。
ザルヴァートル・モデルとしての本来のポテンシャルにアトランティスのコア(とゴルディアス結晶)の力が加わり、上記の如く規格外の強さを誇った。
トローンズ・モデル 【Thrones Model】
人類軍最新鋭ファフナーの一つで、大隊指揮官機として運用される特殊モデル。名前の由来は、無数の目を持つ上位三体天使第3位「座天使」。
ジークフリード・システムとのクロッシング維持やシステムからのフィードバックによって各機の状況把握を行うため、搭乗者への負荷が激しい。
また、メガセリオン・モデルの発展後継機であるため、シナジェティック・コード形成時には大きな心理的重圧が掛かる。
ラファエル
背部に棘状のスラスターを6基装備した姿が特徴的な空戦型。基本カラーは薄緑。ダスティン・モーガン、ペルセウス中隊転属後のアイシュワリア・フェインが主なパイロット。
サンダルフォン
陸戦型。本体はラファエルとほぼ同じであるが、背部の棘状のスラスターがなく、肩部に装甲板のようなものが装備されている点が異なる。1話長尺版においてマルティス・ゴールドが搭乗していたがディアブロ型に同化されてしまう。後に、ペルセウス中隊創設者のナレイン・ワイズマン・ボース、アルゴス小隊のハインツ・ビットナーも搭乗。
ドミニオンズ・モデル 【Dominions Model】
人類軍最新鋭ファフナーの一つで、中隊指揮官機。名前の由来は統制を意味する中位三体天使第4位「主天使」。
ザルヴァートル・モデルの大量生産機だが、内蔵するコアのパワー不足により、マークザイン・マークニヒトのような力は発揮できない。また、人類軍製ファフナーの中で比べてもトローンズモデルより性能が低いが、代わりに戦闘可能時間が長い。
フェストゥム因子の移植が良好である事、同化促進にも耐えられる事、中隊の残り3機を率いて継戦出来る事、という3つの条件を満たせる者だけが搭乗できる。
ガブリエル
収納式の翼を持つ空戦型。基本カラーは青緑。1話ではアイシュワリア・フェインとロブ・ウォーグレイヴが搭乗している。またペルセウス中隊転属後のジョナサン・ミツヒロ・バートランドとウォルター・バーゲストが、アルゴス小隊転属後にキース・ウォーターがそれぞれ搭乗。
（ドミニオンズ・モデルの一種？その1）
第14話より登場。陸戦型と汎用型のどちらにあたるかは不明。胴体や四肢はガブリエルと似通っているが翼がなく、頭部の形状が異なるほか、胸部や脚部に装甲が追加されている。
肩パーツからイージスのようなエネルギーシールドを展開できるほか、大型のスラスターを装備しており機動力にも優れると見られる。
（ドミニオンズ・モデルの一種？その2）
第14話より登場。こちらも陸戦型と汎用型のどちらにあたるかは不明。基本カラーは赤。胴体や四肢がガブリエルと似通った姿で翼がない点も同様だが、頭部はガブリエルと同じ形状。また側面の肩パーツが小型の装甲板らしき物になっている一方、胸部や脚部の追加装甲はない。
パワーズ・モデル 【Powers Model】
人類軍最新鋭ファフナーの一つで、大量動員前提として開発された機体。名前の由来は中位三体第6位「能天使」。
中隊クロスドッグのうち3機が基本的にはこのモデル。グノーシス・モデルの発展後継機で、適性者以外にも因子移植と同化促進薬で搭乗を強いる事が出来る。
搭乗可能な人間を出来る限り増やす為のシステムを搭載しており、他の機体に比べて大型。
パイロットの結晶化率の高さや、対同化機能を発揮できずにフェストゥムの餌食となりやすい事から、まさに「最も人間に近いがために最も堕落しやすい」能天使を象徴する機体。
オリンピア・エンジェルス
陸戦型。基本カラーは茶。
主なパイロットはモーガン隊（太平洋艦隊第三ファフナー大隊）時代のジョナサン・ミツヒロ・バートランドとビリー・モーガン、キース・ウォーター、ケイ・クレイソーン。
第2話以降も機体は頻繁に登場しているが、別の機体に乗り換えたなどの事情で全てモブキャラクターの機体となっている。
アリエル
空戦機。オリンピア・エンジェルスに似通っているが折り畳み式の翼がある。基本カラーは深緑。第1話から現在までたびたび登場している。ビリー・モーガンがペルセウス中隊へ転属以後に搭乗している。
エイワース
第9話より登場した陸戦機。基本カラーは茶。
同じ陸戦機でもオリンピア・エンジェルスと比べて、肩のパーツが盾のように大型化されている。第14話ではその部分からイージス装備のようなものを展開しようとしていたため、防御能力に優れた機体と思われる。
側面から見た形状はアリエルが翼を折り畳んだ姿とも似ているが、特徴である肩パーツはアリエルの翼よりもさらに大型である。またアリエルが空戦機であるのに対し、エイワースは陸戦機のため左右に赤・緑の位置灯はなく、もちろん飛行もできない。
アルゴス小隊のチェスター・ゲインが主なパイロット。
