ジークフリード・システム
シナジェティック・コードによってファフナー・パイロットと脳の皮膜神経細胞を通して連結するシステム。搭乗者はパイロットの精神状態、負傷の度合い、戦闘形成などを把握し、部隊全体を指揮管理、直接指示を出す。また、過剰な攻撃を止めるために、ファフナーの操作をロックする事も可能。
ただし、脳内に一度に多大な量の情報が流れ込むので、普通の人間が搭乗すると脳に負担が掛かってひどい船酔い状態に陥る。
そのため、使用できるのは実質皆城総士のみとなっている。
クロッシング
ファフナー・パイロットと搭乗者が皮膜神経細胞を通して繋がった状態の事。
パイロットの精神状態や戦況を判断できる一方、システム搭乗者にパイロットの受けた痛みがフィードバックされてしまい、戦闘後、突発的なフラッシュバックという形で搭乗者の身体に表れる事もある。なお、システム搭乗者による機体識別コード登録がされないとクロッシングは機能しない。
ファフナーへの内蔵
エーギル・モデル、ティターン・モデルが一体型として開発されていたが、搭乗者への負荷が大きかったため、近藤彩乃の発案により、システムを機体から分離したノートゥング・モデルが開発された。
無印第24話にて、ミョルニアから得た技術を元にプロトタイプのシステムをノートゥング・モデルに移植する事に成功しているが、「1機でも欠けると機能不全に陥る」という欠点を抱える事になった。