AnkiDoid2.0のリリース（Google Play Storeには未登場[訳者注：日本時間2013年1月4日現在の原文による]）に伴い、新しいAnkiDroidを使用するなら、デスクトップ版のAnkiを2.0以降にアップグレードし、必要に応じてhttp://ankiweb.netに代わるAnkiwebのニューバージョン、https://ankiweb.net を使用する必要があります。
デスクトップ版Ankiのバージョンアップだけではなく、新しいAnkiwebを使用するなら、デッキのアップグレードが必要になるでしょう。実行するには、Ankiwebで既にデッキを同期しているか否かにより2つの方法が存在します。
（注）あなたのデッキの一部がAndroid端末上にのみ存在し、なおかつ方法２を使用するなら、アップグレードした後のアカウントには、端末上にあったデッキだけが見えるでしょう。
方法１：既に同期済みの場合
手順
- AnkiDroid 1.xで同期する
- AnkiDroid 2.0にアップグレードする (Google Play か APK)
- AnkiDroid 2.0を開く
- 変更の一覧の画面が現れる。続ける。
- "Upgrade", "Sync", "Continue"の３つのボタンがある画面が現れる。
- "Sync"をクリックする。
- ユーザー名/パスワードを入力し、 "Log in"をクリックする。
- デッキは自動的に同期サーバーからダウンロードされる。
方法２：未同期の場合
手順
- AnkiDroid 2.0にアップグレードする (Google Play か APK)
- AnkiDroid 2.0を開く
- 変更の一覧の画面が現れる。続ける。
- "Upgrade", "Sync", "Continue"の３つのボタンがある画面が現れる。
- "Upgrade"をクリックする。
「デッキはアップグレードされませんでした」という内容のメッセージが現れたら
- 全てのデッキをAndroid端末の/mnt/sdcard/AnkiDroid から PCのAnkiフォルダーにコピーする。
- Anki 1.x から、Tools > Database check を起動する。
- http://ankisrs.net から Anki 2.x をインストールする。
- Anki 2.x を起動するとデッキがアップグレードされる（はず）。
- メニューから File>Export を選択する。
- 設定を変更せずに、Export。
- ファイル名と保存場所を要求されるので、デスクトップにファイル名"collection.apkgとして保存する。
- collection.apkg をAndroid端末の /mnt/sdcard にコピーする。
- AnkiDroid 2.0を起動し、 MENUから"Import"を選択する。
- 選択してインポートする。
（原文：http://code.google.com/p/ankidroid/wiki/Upgrading）