メインシナリオ

ドクターバイルとの死闘（ロックマンゼロ４）から約４年。

ラグナロク事件以降、エリアゼロに逃れていたレジスタンスとキャラバンの人間達は、ラグナロクの砲撃によって行き場を無くしたネオアルカディアの住民達と和解し、エリアゼロを拠点に新たな復興への道を歩み始めていた。

科学者シエルの開発したシステマシエルによって、レプリロイド達はエネルギー不足という不安要素から解消され、日々復興に従事している。

人間の生活に必要な水や食料は、半永久機関を与えられたレプリロイド達の手によって着々と安定した生産体制が確保されつつある。
だが、大規模な都市開発にはサイバーエルフを持たないメカニロイドの労働力が必要とされており、現在も困窮しているエネルゲン水晶に頼らざるを得ない状況が続いている。
また、都市全体の機械機能を賄うエネルギーについてもレプリロイド達の労働力だけでは到底生産が追いつかず、新たな大型エネルギー資源の研究開発が進められていた。

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