※注意！ 以下のボスリストにはストーリーのネタバレが含まれています。
ボス攻略(Wii版)
エッグ・ビートル(マズーリ)
エッグマンの作り出した昆虫型メカ。
昼モードで戦う。
３Ｄパートでは、しばらくはバリアが張られていて攻撃が出来ない。
バリアが解除されるまではクイックステップを駆使してブロックを避けよう。
バリアが解除されたらブーストorホーミングアタックで攻撃。
ちなみにブーストのほうがダメージが大きく、
最大３連続でダメージを与えることができる。
２Ｄパートではエッグマンがミサイルを撃ってくる。
縦に３つミサイルが並び、ミサイルの後ろの火が強くなった順に飛んでくる。
その後ハサミで攻撃してくるのでジャンプで避けよう。
今度はソニックの目の前に来てハサミ攻撃を仕掛けてくるので、避けてホーミングアタックで攻撃。
うまくいけば１分以内で倒せる。
聖獣ダークフェニックス(チュンナン)
チュンナンの守り神がダークガイアの邪気にあてられ凶暴化した。
夜モードで戦う。
炎をまとっているときはダメージを与えることが出来ないので、まずは台の上にある水の入った樽をぶつけて消火する。
台に乗るとしばらく攻撃を待ってくれるので、その時に投げつけよう。
炎が消えると中央の台の上に降りてくるので、追いかけて攻撃する。
ある程度ダメージを与えると大技モードになるので、リモコンを数回振るか、ボタン入力。
ダーク・モーレイ(ホロスカ)
ダークガイアの邪気がホロスカの気候により具現化したもの。一応巨大アナゴ。
夜モードで戦う。
本体の周りのバリアが邪魔なので、まずこれを解除しよう。
台の周りにある機械を全て破壊すればバリアが消える。
その後は相手の攻撃を避けながらモーレイに攻撃をする。
するとボンベを吐き出すので、これをモーレイに当てよう。
モーレイが凍ったらどこでもいいので攻撃。
これを数回繰り返す。
エッグ・デビルレイ(スパゴニア)
レーザー武器を装備した魚型ロボット。
昼モードで戦う。
基本はエッグビートルと同じだが、連続ブーストができないようになっている。
バリアを張っている時はひたすら攻撃をよけ、解除されたら攻撃。
２Ｄパートのレーザーは小さいレーザーはジャンプで、
大きいレーザーはスライディングで避けよう。
デビルレイの撃ってくる弾はジャンプでも避けられる。
ダーク・ガーディアン(シャマール)
ダークガイアの邪気がシャマールの神殿の月の祭壇に宿った結果生まれたモンスター。
夜モードで戦う。
ひたすら攻撃をすれば勝てる。
タイタンの強化版と思えば楽勝
エッグ・ランサー(アダバタ)
エッグ・ビートルとエッグ・デビルレイを合体させたメカ。
昼モードで戦う。
基本は同じだが、攻撃が激しくなっているので注意。
壁走りの最後のあたりの落石ゾーンでは
エッグマンに岩があたったときにブーストをすればダメージが与えられる。
コマンド入力は焦らずに入力しよう。
成功すれば大ダメージを与えられる。
エッグ・ドラグーン(エッグマンランド)
完全体ダークガイアのエネルギーを利用した兵器のプロトタイプ1号。
夜モードで戦う。
マシンガンは出が悪いのでひたすら走ってよければいい。
氷弾はダッシュジャンプで避けることができるが、
着弾したあともしばらくは氷に近づかないほうがいい。
剣の攻撃は2段ジャンプで避けよう。
緑色に光っている部分を攻撃する。開幕直後から攻撃可能。
攻撃後、相手は距離を離して攻撃態勢に入るが素早く近寄れば相手の攻撃前に攻撃が出来る。
実は一回も攻撃させないまま倒す事も出来るため、クリアタイム1分30秒を切ることも可能。
Sランク条件は7分以内なので楽勝で取れるはず。
一定のダメージを与えるたびにエッグマンは足場を破壊してくる。
下に落ちるたびに足場が小さくなり、攻撃を避けづらくなる。
ダークガイア(エッグマンランド)
ほぼ完全に復活したダークガイア。
神殿巨人パート後に昼モードに切り替わる。
パーフェクトダークガイアとの2連戦になり、タイムが引き継がれる。
ランクはパーフェクトダークガイアを倒した時のタイムで判定される。
- 神殿巨人パート
- ダークガイアの攻撃を避けたらすぐに殴る。これを繰り返す。
スティックを↓に倒す指示が出た時は避けるよりさっさと殴った方が楽かも。
- ダークガイアの攻撃を避けたらすぐに殴る。これを繰り返す。
- 昼モード
- 専用ステージを駆け抜ける。各ステージ最後のコマンド入力は失敗するとミスになるので焦らずに。
パーフェクトダークガイア(エッグマンランド)
完全に力が戻り、世界を闇で包もうとしている。
カオスエメラルド7つの力を使って変身したスーパーソニックで戦う。
ダッシュで上下左右に動き回って攻撃を避けつつリングを回収する。
リング１０枚で下のブーストケージが１つたまる。
たまった状態でなおかつロックオンしているときにリモコンを振る（orボタンを押す）と
スーパーソニックブースト発動。
ロックオンした目を目掛けて攻撃する。
岩にあたるとリング１０枚が無駄になるのでがんばって避けよう。
終盤になると岩も動き、回避が困難になる。
ダークガイアの引っかき攻撃は最初の光の筋をよく見て避ける。
たまに全部の手を使った攻撃をしてくるが、
画面中央に逃げればあたらない。
目をロックオンするには、目の近くに移動すればいいが、
このとき横方向だけでなく、縦方向でも目の近くに移動しなければいけない。
６つの目を攻撃し終わると中央の目が開く。
中央の目は閉じたり開いたりする。閉じている間はロックオンできない。