HERO SIDE
ソニック・ザ・ヘッジホッグ -SONIC THE HEDGEHOG-
- 本作では瓜二つの人物、シャドウと間違えられGUNに捕まってしまう。
シャドウを追っていく中でエッグマンが関わっていることを知り、エッグマンを追う事になる。
マイルス"テイルス"パウワー -MILES TAILS PROWER-
- GUNに捕えられたソニックを助けるためにプリズンアイランドへ向かう。
途中、エミーを助けてソニックと合流し、エッグマンの追跡に協力することになる。
ナックルズ・ザ・エキドゥナ -KNUCKLES THE ECHIDNA-
- 本作でもマスターエメラルドのカケラをあつめることになる。
ストーリー中、ソニック達と再会し、エッグマンを追うのに協力する。
DARK SIDE
シャドウ・ザ・ヘッジホッグ -SHADOW THE HEDGEHOG-
- プロフェッサー・ジェラルドによって造られた究極生命体。
作中ではエッグマンに忠誠を誓っているが、本当の思惑は・・・
Dr.エッグマン -Dr.EGGMAN-
- エッグマン帝国の建設を企む、悪の天才科学者。
本作では究極生命体『シャドウ』を目覚めさせたが、逆に利用されてしまう。
ルージュ・ザ・バット -ROUGE THE BAT-
- エッグマン達に協力的だが、実は連邦政府大統領専属エージェント。
プロジェクト『シャドウ』についての真実を暴くことが彼女の今回の任務である。
OTHER CHARACTERS
エミー・ローズ -AMY ROSE-
- ソニックの(自称)ガールフレンド。
本作ではストーリー終盤で重大な役目を果たすが、1Pプレイで使うことはできない。
マリア・ロボトニック -MARIA ROBOTNIK-
- Pr.ジェラルドの孫娘で、エッグマンの従兄妹。
50年前のスペースコロニーアークの事故により命を失う。
プロフェッサー・ジェラルド・ロボトニック -Pr.GERALD ROBOTNIK-
- 人類初のスペースコロニーを建設した天才科学者。
アーク内でプロジェクト『シャドウ』の研究に携わった後、消息不明となる。