カードの能力で示された指示そのもの。
細かくは以下のように分類されるが、これらは総合ルールに記載があるのみなので、ゲーム中に意識する場面は少ない。
単発効果 
「カードを1枚引く」「ダメージを与える」など、一度だけ行う行動。
継続効果 
「ターン終了時まで、パワーを+4000する」など、指定した期間だけ変化をもたらすもの。
置換効果 
「このカードが破壊される場合、トラッシュに置くかわりにリソースにスリープで置く」など、何らかの事象を別の事象に変更するもの。
- ルールに定められた処理は効果ではない。
該当するのはターンの進行に伴う処理、リロードエフェクトなどのルールエフェクト、ゼクス エクストラの降臨条件及び覚醒条件、など。 - 他のゲームと違って相手の行動に割り込んで能力をプレイするルールがないこともあってか、発生した効果を無効にする効果は存在しない。
- カードテキストに「効果」と記述されているのは起動!超神器まで絶界の説明文のみだったが、神域との邂逅以降は効果にあたるテキストの前に「効果」と書かれたアイコンが記載されるようになった。