2018年の日本。
太公望の子孫であり、全教科が得意で講師依頼を受けた高校生・真城公望は、いつも笑顔で、
学校に平和が訪れているかの様に暮らしていたが、足を捻挫したり、学校内で全学年からいじめにあったり、
散々な目に遭っている事にがらりと世の中の常識が変わってしまう。
ボロボロになりながら約束の場所にやってきた公望に、
一丈は「お前はご先祖と同様、死んだ方がいいと思うな」と、キツイ言葉を浴びせ、
ついに公望は、一丈に公開処刑の標的にされ、飛び降り自殺する事を決意する。
友美はそれを阻止しようとするが、一丈の部下に妨害される。そして、公望が学校の屋上から飛び降り、
地面に落ちると思われた瞬間、誰かが助けたかの様に、公望をゆっくりと地面に寝伏せた。
その男の名前は海馬霧埼だった。なんと彼らは2060年から来た男で、
その時代の日本は、いじめが｢完全犯罪｣になっており、それらを行った場合は即刻死刑と言う法律が定められていた。
そして、"いじめをした者"、"公開処刑に参加した者"、"見て見ぬふりをした者"、"公開処刑を行った者"を対象にし、
逃げ遅れて捕まったら巨悪な鬼に殺される"リアル鬼ごっこの刑"に処される。
だが、有罪者達は、自殺しそうになった公望と、公望を助けようとした友美だけの無実は認めなかったのに対し、
残虐非道なゲームを強制的に始めてしまう。そして、霧埼は公望と友美にある招待状を渡して、去った。
公望は霧埼に渡された招待状通り、彼の研究室へ向かっていった。公望は研究室の奥の部屋にある本を発見。
ご先祖の太公望の力を、かすかに感じた公望は、｢打神本｣を手にする。すると何者かの声が公望に
「そなたはトワイライトヒーローに選ばれし者なり」と告げる。そこへ飛び込んできた霧埼は、
公望がトワイライトヒーローとなった事を教える。直後霧埼の姿が消え、大量の鎖が公望を襲う。
公望は近未来の世界を逃げ回る。公望を襲ったのは数々のヒーローの力を悪に利用した、ダークスピリットだった。
だが、再び｢声｣が響き、公望が持つ本から竜巻が現れる。
公望は本から｢打神風｣を放ち、ダークスピリットにとどめを刺した。
その後に、自由気ままに火と炎の魔法を操れる青年、稲垣恭二郎、
伝説の戦士｢プリキュア｣の力を手に入れて、キュアトワイライトに変身する星風みさきと出会い、
チームトワイライトとして、同じトワイライトヒーロー達の戦いに巻き込まれていく。
