「マリオ＆ルイージＲＰＧシリーズ」 
この作品のみ声優を起用したのは、スマブラシリーズを担当した桜井の推薦によるもの。
マリオとルイージで１組のペアユニット、ピーチがソロユニットとして登場。
マリオ
声 - 関智一
キノコ王国のスーパースター。
ルイージ
声 - 鳥海浩輔
マリオの双子の弟。今回もいつものように留守番を決め込んでいたが、
ワールドゲイトの騒動により、無理やり冒険に出る事になった。
やや臆病な所があるものの、その実力はマリオに引けを取らないが、
有名人のマリオと比べギャグシーンが多いのも特徴で、
彼に関わるギャグや仕打ちが本作では極端にひどいものが多い。
ピーチ（Solo）
声 - 河原木志穂
キノコ王国のお姫様。本作ではソロユニットとして登場。
ワールドゲイトで犠牲となった、キノコ王国を救うために、マリオ達と共に旅立つ。
ソロアタック｢スーパープリンセス｣では、｢スーパープリンセスピーチ｣のアクションや，
｢プリンセスピーチSHOWTIME｣の十大キラメキ変身、スマブラシリーズで登場した技を繰り出して戦う。
ゲラコビッツ【BOSS】
声 - 三ツ矢雄二
「ゼルダの伝説シリーズ」
リンクとゼルダがペアユニットとして登場する。
なお、本作のリンクは、ゲームとは異なり、しゃべるようになる。
リンク
声 - 高梨謙吾
ゼルダ
声 - 嶋村侑
ガノンドロフ【BOSS】
声 - 長嶝高士
「メトロイドシリーズ」
「スターフォックスシリーズ」
デザインは、スターフォックスアサルトをメインとして登場する。
フォックスとファルコがペアユニット、クリスタル、ウルフがソロユニットで登場する。
フォックス・マクラウド
声 - 大原崇
雇われ遊撃隊スターフォックスのリーダー
亡き父、ジェームズの意思を受け継ぎ、リーダーとなる。
ファルコ・ランバルディ
声 - 高口公介
スターフォックスのエースパイロット
元宇宙暴走族。
クリスタル（Solo）
声 - 一龍斎貞弥
青いキツネの姿をした、テレパシーを使える少女。
本作では、ソロユニットとして登場。
ウルフ・オドネル（Solo）
声 - 高口公介
ならず者遊撃隊スターウルフのリーダー。
スターフォックスのライバル。
最初は敵として登場するが、のちに味方になり、ソロユニットとして登場する。
「ポケットモンスターシリーズ」
サトシのピカチュウとゴウのエースバーン、
ヒカリ＆ポッチャマとアラン＆リザードンがペアユニットで、ルカリオがソロユニットで登場。
なお、トレーナーはポケモンと共に行動するが、バトル時の場合は、ポケモンのみとなる。
サトシ
声 - 松本梨香
ピカチュウ
声 - 大谷育江
ゴウ
声 - 山下大輝
エースバーン
声 - 林原めぐみ
ヒカリ
声 - 豊口めぐみ
ポッチャマ
声 - 小桜エツコ
アラン
声 - 小野賢章
リザードン
声 - 三木眞一郎
ルカリオ（Solo）
声 - 浪川大輔
本作ではソロユニットとして登場。
波導で相手の動きや考えを読み取る、かくとう・はがねタイプのはどうポケモン。
トレーナーは、サトシの手持ちとなっている
「F-ZEROシリーズ」
外見の設定上は『F-ZERO ファルコン伝説』準拠となっている。
キャプテン・ファルコン（Solo）
声 - 田中秀幸
超高速マシンレース「F-ZERO」のレーサーであり、パイロットとしての腕は超一流で、
凄腕のバウンティハンター（賞金稼ぎ）としても有名。
本作ではソロユニットとして登場。
「ファイアーエムブレムシリーズ」
マルスとアイク、ルフレとカムイ、クロムとルキナがペアユニット、ロイがソロユニットとして登場し、
チキはイベント専用キャラクターとして登場。
技はバトルシーンとムービーシーンや、スマブラで使われた技の融合を目指し、
オリジナルの創作技の投入はしていない。
マルス
声 - 緑川光
「暗黒竜と光の剣」「紋章の謎」の主人公。
アイク
声 - 萩道彦
「蒼炎の軌跡」「暁の女神」の主人公で、グレイル傭兵団の団長
クロム
声 - 杉田智和
「覚醒」の主人公で、クロム自警団の団長。
ルキナ
声 - 小林ゆう
ロイ（Solo）
声 - 福山潤
「封印の剣」の主人公。エレブ大陸 フェレ家の公子。
病の父・エリウッドの代わりにフェレ騎士団を率いて出陣する。
「新・光神話 パルテナの鏡」
「MOTHERシリーズ」
「ワリオランドシリーズ」
ワリオシリーズから『ワリオランドシリーズ』が選ばれたのは、
他作品の主人公たちと共演しても違和感がなく戦いやすいと考えられたため。
ワリオ（Solo）
声 - 近藤浩徳
自称マリオのライバル。豪快で、細かいことは気にしない性格。
キノコ王国では、金儲けの邪魔した罪をきさせる為に、敵として英斗たちの前に敵として立ちふさがる。
戦闘後は、ワリオの財宝などがエル・クロノスが奪っていたことを知り、最終的に味方となる。
「ゼノブレイドシリーズ」
シュルクとフィオルンがペアユニットで登場する。
「黄金の太陽シリーズ」
本作では『黄金の太陽 開かれし封印』をベースにしている。
ただし、声優は異なっている。
ロビン（Solo）
声 - 平川大輔
錬金術の封印を守護するため、ソル神殿を守っている一族の出身。
好奇心から神殿に侵入し、結果としてエレメンタルスターの強奪に加担してしまう。
その責任とワイズマンの頼みにより、錬金術の解放を阻止すべく、旅をする様になる。
「罪と罰シリーズ」
「パネルでポンシリーズ」
「任天童子」
この作品の声優を起用したのは、スマブラシリーズで担当した桜井の推薦によるもの。
蔵部景品（くらべかげしな）(Solo)
声 - 斎賀みつき
本作ではソロユニットとして登場。
「ドクターマリオシリーズ」
ドクターマリオの声優が石丸博也になったのは、
スマブラでディレクターを担当した桜井の推薦によるもの。
ドクターマリオ（Solo）
声 - 石丸博也
医者に扮して白衣・額帯鏡・聴診器を身に装うマリオ。
ただ、本作では、マリオとは別の人物となっている。
アイリスには「おじさん」呼ばわりされてるが、本人は気にしてない。
ソロユニットでは、カプセルの投げつけや、スマブラの通常攻撃、
さらにトドメは、最後の切り札である「ドクターファイナル」を放つ。
「謎の村雨城」
鷹丸（たかまる）（Solo）
声 - 杉田智和
村雨城に飛来した謎の生命体の調査と操られた城主達の解放のため、
江戸幕府から密命を受けた剣客。剣の腕に長け、忍術も使いこなす。
「カエルの為に鐘は鳴る」
コマール・デ・サフレ（Solo）
声 - 朝井彩加
その名の通りサブレ王国の王子。
経済大国の王子というだけあって金銭に全く不自由しておらず、
何かあるとお金で解決しようとしたり、ちょっとしたプレゼントのお礼にも大金を渡したりする。
そんな態度と王子らしい尊大な口調で普段はちょっと偉そうな雰囲気を醸し出しているが、
実際はちょっと気が弱く、情に厚いかなりのお人よし。
またお調子者・あわてんぼうと評された事もあり、どこか抜けた人物。
本作では、たろすけとは仲が良い関係を持っている。
「アナザーコード: R 記憶の扉」
アシュレイ・ミズキ・ロビンズ〈Event〉
声 - 杉山里穂
将来の夢はミュージシャンであり、ギターを扱っている。父親であるリチャードとの間に溝を感じている。
学校では同級生の男子をヴォーカルとした2人組のバンドを組んでいる。
バッグの行方を追ううちに家出少年のマシューと遭遇し、以降彼の父親捜しを手伝っていった。
本作では、ワールドゲートの事件の発生により、不幸のスタートを切ることになる。
イベント専用キャラだが、伍次郎が彼女自身の説得を聞いた事により、英斗達と同行するようになる。
「ファミコン探偵倶楽部PartⅡ うしろに立つ少女」
イベント専用キャラクターとして登場。
橘あゆみ（たちばなあゆみ）〈Event〉
声 - 皆口裕子
丑美津高校1年生。サークル「探偵クラブ」のメンバー。
親友の洋子を殺害され、事件解決のため主人公に協力する。
事件に対する強い思いから、思いがけない行動力を見せることもある。
「ウィッシュルーム 天使の記憶」
カイル・ハイト〈Event〉
声 - 土田大
元ニューヨーク市警の刑事で、現在はレッドクラウン商会のセールスマンとして働いている。
クールに見えるが、何かに夢中になると我を忘れるところがある。
レイモンドと同じ目的でウェストパークに訪れる。さらには成歩堂の竜宮裁判にも登場している。
「DISASTER DAY OF CRISIS」
本作では、ウィリアム、コーラと同様日本語吹き替えは無く、英語音声のみとなる。
レイモンド・ブライス（Solo）
声 - ルーベン・ラングダン
本作ではソロユニットとして登場。
従軍経験のある優秀なレスキュー隊員であったが、
火山での人命救助中に起きた事故により同僚のスティーヴ・ヒューイットを失った事を切っ掛けに除隊し、
ブルーリッジ市の危機管理局で失意の日々を送っていた。
ワールドゲート事件にの情報聞きつけ、調査に向かいウェストパークに訪れる。
目的地に着いた時には、カイルとエルクロノスのダイヤ・モンダーと鉢合わせになる。
ダイヤ・モンダーに｢俺は元々森羅のメンバーでアイツらに追われている｣と嘘をつかれるが、
そこに本物の森羅・英斗と花桜が現れたことで、更に事態を混乱に招いてしまう。
レイモンドは真実を見定めるためしばらく静観していたが、他のエル・クロノスのメンバーが現れたことで、
真実が明らかになり、英斗たちへの疑いが晴れ以後協力することになる。
ソロアタック「ファイトクライシス」は銃撃だけではなく、軍人時代の戦闘技術を駆使して攻撃する。
「GIRLS MODEシリーズ」
本作ではショップ店員として登場。
ルミナ〈Event〉
声 - 鬼頭明里
カリスマ店員。後に新店舗の店長を任されるようになる。
本作では、現実世界の商人として登場。商人仲間であるシルフィーとみゆきはちょっと嫌がっており、
敵対勢力は取引はしていないため、英斗達にはやさしく振舞っている場面が見られる。
