スペシャルクラン

テルプシコラ

如月 音羽が発症したクラン。発症理由は不明。フェノメノンは大規模なもので強さもアーヤ達から見て桁外れのものだった。
フェノメノン内は夕焼けの景色　中にいた人間はつばめやメノウを除いて石のようなフィールドに変化していた。
トライナリー達を制圧しつばめを殺害しようとするも、つばめの謎の力で本体を引きずり出され破壊される。つばめに対する発言からなにか重要なことを知っているようだが…？

ちとせ

つばめのサーバントクラン。敵だった時はなぜか裸だった。発症者は文学少女だったがちとせはデジタルクラッキング能力に目覚めている。
だが同じハッカー属性のみやびとはなぜかクランの相性が悪い。
たまにみやびのハッキングを追いかけ妨害をして遊んでいるのがつばめによって目撃されている。
彼女たちと見るのクラン紹介時にはつばめからちーちゃんと呼ばれたがそれ以降では呼ばれている描写がない。誰かと被るからだろうか
発症者は高校生の赤城さやか、SNSでのいじめで親友が自殺したことが原因で発症。
名前の由来は発症者が使っていたハンドルネームがちとせだったため。

銀葉樹

つばめのサーバントクラン。通称は銀ちゃん。植物ときれいな石が好きで神楽坂トライナリーの植物の世話などをしている。
かなり怖がりの性格でつばめとコネクトするまで誰ともコネクトしたことがなかった。
発症者は高校生の相澤亜紀。トレッキングに向かった山野で不良グループが違法行為を行う現場を目撃してしまい、同行していた恋人を殺される。その後自らも襲われかけ発症した。

リフィール・ペンドラゴン

女剣士の姿をしたアーヤのサーバントクラン。愛称はリフィア。
ドーム戦でアーヤとコネクトしていたのもリフィアであり、剣による攻撃をブーストする能力を持つ。
重度の中二病患者でよくわからない固有名詞を入れて話すが、アーヤから見ると素直でいい子なようである。
ガブリエラ曰くコルトとも波長が合っていて気があるらしい。

ヒストンシャペロン

アーヤのサーバントクラン。隕石を降らせるというかなり強力な能力を持っているが、
現在はアーヤにシンパシーを感じてコネクト時は隕石の代わりに大量の剣を降らせる。
強力な反面アーヤでも使用後はガブリエラに運んでもらわないとならないほど精神を消耗する切り札的クラン。
音楽のメタルが大好きでその時の自分の精神状況でメタルのジャンルを変えながら聞いている。デイトラでもアーヤにここはしっかり書けというほど。
発症者は代議士秘書の武島ちづる。巨大な汚職を暴こうとするも逆に嵌められ、なんとしても事実を伝えたい想いから発症した。

クワイエットコルト

ガブリエラのクラン、ガブリエラのことはギャヴィ姉さんと呼んでおり、語尾に～ッスとつけるしゃべり方をする。
容姿が海兵隊の女性なのは男性が多い（と発症者が思っている）厳しい世界で活躍する女性こそが
発症者の望む能力至上主義社会の象徴であり、なおかつ銃をこよなく愛する気持ちもその姿に反映されているため。
発症者はニートの北原成人、発症理由は屑のような世界を変える今の自分にない力を渇望したため。

播磨屋藤治郎

みやびのサーバントクラン。通称とうちゃん。
性格も発症者から受け継いでおり、頑固一徹のとうちゃん気質のようだ。
コネクト時にはシールドを張る能力があり、フェノメノン時にはほぼとうちゃんの世話になるというくらいみやびにとって要のクラン。
発症者は金属加工の職人、播磨藤治郎。町工場を経営していたが経営難や後継問題で発症した。
クランは獣人だが、発症者と見比べてみると顔がかなり似ている。

メタモルガーＶＦX

ウイングやブースターを装備した小柄な男の子のクラン。通称もるがーくん。
トライナリーを飛行させることができるらしく、みやびの飛行能力は彼によるものと思われる。
発症者は特撮が好きな男の子。

ラピスラズリ

白い服装をした少女のクラン。つばめにいきなり受け攻め談義を持ちかけた腐女子。
発症者はドイツ生まれのハーフの18歳、亜城クラウスナー聡美。小学校時に日本に来日して以来、日本の漫画が大好き。自ら同人誌を書くほどのBL好きだが周囲には隠していた。コミケ帰りに大量のBL系同人誌を電車に忘れ、警察署に届けられていたものの拾得物について名前をすべて挙げるように言われてしまう。親を含めた衆人の中でヤケクソになって全ての本の名前を挙げたが、あまりの状況に絶望して泣き出し発症した。

楓雅

ガブリエラと相性のいい男の娘のクラン。男から女のクランが出ることはあるが楓雅は敢えて男の娘の状態で顕在化するという珍しい状態。
神楽坂トライナリーの中で最も女子力が高いらしく、ガブリエラも迷ったことがあった時に意見を聞くことがよくある。ヘッドセットをつけているのは発症者が生主のため。

ジョージ

ガブリエラと相性のいいクラン。十字架を背負った大柄な体躯の男性で、記録映像では道路を滑走していたのみだったが銃の使い手であるらしい。
洋画の大ファンで渋めのハリウッドアクションが特に好き。

スウィーティーメルティー

神楽と相性がいいクラン。メルティ―のフェノメノン内では悪役の怪人と怪獣が暴れまわっているがトライナリー達の攻撃に対して
ほぼ無敵状態となっておりメルティーに同調し一緒に必殺技を放つことで敵を倒してフェノメノンを収束させるという珍しい事例だった。
発症者は7歳の少女、二階堂愛瑠

モーフィアス

神楽からはゴミやらモー豚と呼ばれているが、一応神楽と相性がいい(？)クラン。
記録映像時には神楽を触手状の腕で拘束しprprしたり服をひん剥いてメノウの姿に着替えさせるなどやりたい放題していた。
発症者は廃課金プレイヤーであるとともにフレイメノウのファンであったため、味方となった後は
劇場内でダラダラしながらフレイメノウの布教活動をしている。それが功を奏してか聴き始めているクランもいる様子。
クラン戦時はコネクトすることで本体が物理的なシールドとなり敵から殴られているらしい。
カプドラのトッププレイヤーだったが、バグにより没落してしまい失意のどん底から発症したようである。

クランネフェル

みやびと相性のいい不思議の国のアリスのような見た目のクラン。
敵だった時の鎮静化をしたのがみやびであるためか相性がいいのはみやびだが、記録映像では神楽とコネクトし、斬撃を飛ばせるようにしていた。
クランの能力としては強力な呪いを持っている。

？？？

チュートリアルのバトルで登場した修道女のようなの本体に巨大な機械の腕がついているクラン。
とある人物の心の中で自分が排除されることを察知して襲ってくる。チュートリアル以降一切出てこないことから、なんらかの特殊なクランだと思われる。