各ダンジョンで稀に出現するEX宝箱。ダンジョンごとに固有の装備品等が入っている。
開けるのに必要な<EX>鍵はダンジョン中で敵が稀に所持している。*1
試練の間別室や牢樹のような特殊なダンジョンでは、宝箱は見かけても鍵は存在しないが
最初の再構成トンネルと見知らぬ海岸のみ例外。
中央島
| ダンジョン名 | アイテム |
| 再構成トンネル | ﾐｭｰﾀﾝﾄダンジョンクリア後は入手不可 |
| 見知らぬ海岸 | 幻の指輪ダンジョンクリア後は入手不可 |
| はじまりの丘 | かえりみることなき剣 |
| リ・テの門 | 忍者ソード |
| クラウンボトル | 呪縛の弓矢 |
| 予感の街・レ | カウンターナックル |
| 水の都・イス | アリランナイフ |
| トトの郊外 | パルテナの靴 |
| 塔4000階 | ミサイリスト・スーツ |
| 塔6665階 | 歓びの指輪 |
| 塔6666階 | 怨霊の指輪 |
| 塔最上階 | 仙術の盾 |
| 塔地下二百階の門 | 治癒の指輪 |
黒地域
| ダンジョン名 | アイテム |
| 黒平原 | 魔性のマント |
| 黒い丘 | 魔ヶ玉の手首飾り |
| 黒遺跡 | ダークネスロード |
| 黒の廃村 | 機工の指輪 |
| 黒港 | ライダーベルト |
| パン鉱脈 | 怪盗シューズ |
| うんこ鉱脈 | ［背中］アイテム袋 |
| けもの鉱脈 | ビーストの血 |
| エーリ鉱脈 | エーリの首飾り |
| 鬱 | ※ダンジョンページ参照 |
| 再構成トンネル再び | ※鍵が存在しない |
| 古の祠 | 帝国式銃、遊津桃帯、 古の武器レシピ(3)、古のマントレシピ(3)、古の指輪レシピ(3) |
月
古マーザン
冥界
| ダンジョン名 | アイテム |
| 冥土の底 | 洗浄の腕輪 |
| ハデスの腹 | 回避の指輪 |
| 魂人の廃都 | 暖かい布 |
| ハデスの口 | 光色の靴 |
| 冥界王朝宮 | 僧兵の腕輪 |
| 占星術士の館 | 塔 |
| 死者集会場 | イカロスの盾 |
| 空 | ビンタ |
| 守られた祠 | 侍の篭手 |
| 巨大落下城 | Ｍ刻印剣 |
| 鬼ヶ島 | 黒装束 |
| 冥界牢 | 精霊の腰巻 |
| 牢樹 | ※鍵が存在しない |
| 精神の祠 | ソロモンの盾、精神の武器レシピ、精神のマントレシピ |
塔地下
| ダンジョン名 | アイテム |
| 塔地下777階 | 誓いの指輪 |
| 塔地下782階 | ゲルマンベルト |
| 塔地下801階 | 現の指輪 |
| ヒルトン炭坑 | 反禁の腕輪 |
| 試練の間 | ※鍵が存在しない |
| 試練の間別室 | |
| 宣誓の間 | 黒魔ヶ玉のマント |
| ファントム | 幻の武器レシピ(3)、幻のマントレシピ(3)、幻の指輪レシピ(4) |
| 黎明の祠 | ムーンシューズ、加奈のベルト |
| 孤高の間 | 動かない映写機、宮曼荼羅、両界曼荼羅、別尊曼荼羅 文字曼荼羅、垂迹曼荼羅、浄土曼荼羅 |
チュルホロ星系
| ダンジョン名 | アイテム |
| キングスター | 邪教徒の腕輪 |
| ラストリゾート | エルフのニット |
| エデン | ゴブリンの盾 |
| フォーリングラブ | 空の涙、地の涙、妖精の涙、ガーディアンの涙、ラブヒストリー 奇術師の指輪 |
| 空間の祠 | ベイビーシールド |
| 豪傑達の黄昏 | ※ダンジョンページ参照 |