2014/06/25のアップデートで実装された、1スロットで2編成投入可能なシステム。
増結は、特定の車両を組合わせることが可能になっており、スロット消費数を増やさずに輸送力を強化することが可能。
増結を行うとパターンによっては種別格上（車種によっては格下）が行われ、そのスロットのレベル・両数は2編成の合計となる（最大レベルは増結することでそのスロットの限界を突破可能、例：1800系普通Lv400+1000/1200系特急Lv999を増結すると1000/1200系+1800系快特Lv1399になる)。
快特・快急は増結しないとお目にかかれない種別となる（そのため、初期設定は無い）ほか、格上げ発生時に限り速度が少し上昇する(例:5500系の場合、30→50になる)。更に、営業係数にも影響します。
普通＋普通＝普通 or 準急 or 急行 or 快急 or 特急
(例:キハ30形×2＝普通 6800系普通×2＝準急 5500系普通×2＝急行 5000系普通×2＝快急 1800/1850系普通×2＝特急)
普通＋準急＝準急
準急＋準急＝準急
普通＋高速＝高速
急行＋急行＝快急
急行＋高速＝高速
(例:5700系高速+5700系急行=高速）
普通＋急行＝快急 or 高速
(例:7000系急行+7700系普通=快急 7000系急行+5500系普通=高速）
高速＋高速＝高速
普通＋特急＝快特
特急＋特急＝特急 or 快特 or 特急北アルプス
(例:7000/7700系白帯特急×2=特急 8800系特急×2=快特 キハ8500系特急×2=特急北アルプス)
特急＋特急北アルプス＝特急北アルプス
特急＋ミュースカイ＝快特
ミュースカイ＋ミュースカイ＝ミュースカイ
土木＋土木＝土木
(例:EL120形＋ホキ80形=土木 ※表示に変化はないが優等列車扱いのため、一部路線では先に別の事業用車両を編成する必要がある)
増結に際し、基本的には形式さえ合っていればその派生車の種類は問わないようになっている。(例 増結可能な車両が6000系列だった場合は、ノーマル・瀬戸線用・ワンマンいずれも問わないが、瀬戸線用6600系とAL車の6650系と6750系は除外)。
しかし例外もあり、5700系急行6両＋5300系急行4両は不可能(5700系急行6両＋5300系普通2両なら可能)。
また、8両を超える編成は組成不可（ゲームの仕様上、4+2+2＝8両や2+2+2＝6両や1+1+1＝3両等のブツ編成も組成不可）。
2014/09/19以降のアップデートで新たに3000系列と6000系列のグレードア車が登場しましたが、同系列同士のノーマルドア車とグレードア車は別格なので併結不可能です（塗装変更過渡期の姿も再現不可能、6000系列は連結時に種別変更が、ノーマルでは準急、グレードアでは急と変更し異なる為、不可能です）。
増結は可能でも、1編成しか存在しない同士の増結は不可能（1380系・5600形・7100系・キハ8500形3連が該当する）。
5500系のリバイバルカラーは各色1編成ながら同色同士の増結は例外的に可能でしたが、2014/11/13のアップデード後は仕様変更で不可能になりました。
