車両詳細タブの下部には売却・合成のボタンがあり、不要な車両は売却して資金に変えることが可能。
合成では、不要な車両を合成することでベース車両のレベルを上げて定員を増やすことが可能（特定レベル（約半数）を越えると本物ではあり得ない定員になる）。
レベルを1上げて定員が何人増えるかは、元のレベルによって違ってくる。元のレベルが高いほど1レベルアップでの増える定員が減る。(レベルが1や2の時は1レベルアップで5～6人増えるが、レベル100ぐらいだと3レベルアップで1人ぐらいしか増えなくなってくる。)
合成素材はどんな車両でも可能で1編成につきレベルを必ず1上げられる（但し、どんなに低レベルの車輌に高レベルの車輌を合成しても1レベルUPにしかならない、合算不可能）。
合成にかかる費用は現在のレベル×100ポイント。キャンセルボタンを押すと改造モードを終了する。
なお、素材を選択した際にEnterを押すと改造実行、Shiftを押すと改造キャンセルとなる（自分の思い通りのレベルにしたい場合はレベル行き過ぎに注意）。
改造可能レベル 
| 種別 | 両数 | 最大レベル |
| ミュースカイ | 4 | 999 |
| 北アルプス | 3 | 999 |
| 特急 | 2 | 999※注1 |
| 特急 | 3 | 999 |
| 特急 | 4 | 999※注2 |
| 特急 | 6 | 999 |
| 高速 | 4 | 800 |
| 高速 | 6 | 800 |
| 急行 | 2 | 400 |
| 急行 | 4 | 800 |
| 急行 | 6 | 800 |
| 準急 | 4 | 800 |
| 普通 | 1 | 400 |
| 普通 | 2 | 400 |
| 普通 | 3 | 400 |
| 普通 | 4 | 400※注3 |
| 普通 | 6 | 400 |
| バス | 1 | 400 |
| 土木 | 1 | 1（改造不可能だが、材料としては使用可） |
| 土木 | 2 | 2 |
| 土木 | 3 | 2 |
| 土木 | 4 | 2 |
| 明治村 | 1 | 400 |
| 明治村 | 3 | 400 |
※注1 7700系白帯車は最大レベル800
※注2 7000系白帯車は最大レベル800
※注3 5000系築港線は最大レベル800
野暮な余談だが、最大レベルまでの改造費用は累計すると以下の通り。
| 最大レベル | 累計費用 | 種別概要 |
| 2 | 100 | 2両以上の土木 |
| 400 | 7,980,000 | 殆どの普通・２両の急行、バス |
| 800 | 31,960,000 | 高速・４両以上の急行、準急、上表※1～3 |
| 999 | 49,850,100 | 殆どの特急・北アルプス・ミュースカイ |
