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今作の各ワールドでのボス戦はミニゲーム仕様になっており、ボスステージでの行動によってスコアを獲得し、クリア時のスコアによって決まるランクとプレイ時の難易度によってボーナスアイテムを得られる。
ステージは他作品におけるボス戦のような通常の戦闘の他に以下の3つの特殊戦闘が存在する。
- Re:codedではハードの変更に伴い、若干の仕様変更がされている。
横スクロールアクション（トラヴァースタウン・ホロウバスティオン後半） 
トラヴァースタウンボス戦、ホロウバスティオン後半でのデータ・リク内部からの脱出時の特殊戦闘。
画面が強制的に横スクロールしていくステージで、アクションや「たたかう」での攻撃は通常通り行えるが、デバッグアビリティ?とリアクションコンボ?は使用することはできない。
穴に落ちたり、強制スクロールによってブロックに挟まれたりして画面に置いてかれるとダメージを受け、スマブラ式の復帰をする。
Re:codedではデッキコマンドとフィニッシュコマンドは一切使えないがクロックアビリティはクロックレベル1のもののみ利用可能（「インパクトアーツ」「ソニックアーツ」「オートポーション」を除く）。
途中で現れる4種のコマンドアイテムを取ると対応した「オーバーレイコマンド」が使えるようになる。
3Dシューティング（ワンダーランド・ホロウバスティオン後半）
ワンダーランドボス戦、ホロウバスティオン後半での横スクロールアクションに続く特殊戦闘。
画面奥に向かってデータ・ソラが自動で走っていくので、障害物であるブロックをショットで壊したり、避けたりしながら敵を倒していく。
操作はガード、ジャンプ、ショット（たたかう）、横移動のみで、横スクロールアクションと同じくデバッグアビリティやリアクションコンボは使用不可。
戦闘中は敵の集団が次々と出現し、すべて倒すか時間切れで逃げられるかすると新たな敵が出現する。
途中にある沼は避けるかジャンプで越えるかしないとダメージを受ける。
ショットはボタンを押し続けることで最大5体（5ヶ所）までロックオンが可能。
基本的には敵一体につき1回ずつしかロックオンできないが、ボスにはターゲットマーカーが複数表示されるので、実質多重ロックオンが可能。
ワンダーランドボス戦ではボスによって上下左右逆さまになる。
ホロウバスティオン後半では前座としてこの特殊戦闘が発生するのでボスは現れないが、代わりに強敵インビジブルが現れる。
Re:codedでは横スクロールアクションと同じくデッキコマンドとフィニッシュコマンドは使用することはできず、更にクロックアビリティも全て利用することはできない。
操作にドッジロールが増え、回避がしやすくなった。
横スクロールアクションと同じで、デッキコマンドは一切使えないが、コマンドアイテムを取るとオーバーレイコマンドが使える。
ショットは溜めることが可能で、溜め中にロックオンすると自動で追尾する弾を打つ。
ターン制RPG風バトル（オリンポスコロシアム）
オリンポスコロシアムでの特殊戦闘。
他のワールドとは違ってワールドの探索のほぼすべてがボスステージとなっており、迷路と化したオリンポスコロシアム内を探索し、次のレイヤーへのワープ地点を探すことになる。
デバッグアビリティだけでなくサポートアビリティ、ドッジロールも使用不可となっている。
コロシアム内は各部屋ごとに「バグレベル」が設定されており、バグブロックで溢れた部屋はバグレベルが高く、バグレベルが高いほど敵から受けるダメージが倍増し、バグレベルが下がると危険なブロックが他の種類のものに変化する。
部屋の中のバグブロックを破壊していくことでバグレベルを下げることができる。
コロシアム内には「ライセンス」というアイテムがあり、役立つ特殊な効果を得られる。
エンカウントはCOMのようなシンボルエンカウントになっている。
この時、敵に背後からエンカウントされるとバックアタックになる。
自分の攻撃時、タイミングよくボタンを押すと連続攻撃が発生する。キャラによってタイミングが違う上にシビアなので、苦手な人は少し練習が必要。
また、敵の攻撃時にタイミングよくガードすることで、ダメージを減らせる。
途中からヘラクレスとクラウドが仲間に入るが、進行によってはクラウドが仲間に入らず、仲間入りのチャンスを逃すと二度と仲間に入らない。
レイヤーはスタンダードだと5、プラウドだと15、クリティカルだと30まであり、最後のレイヤーのボスを倒すとクリアとなる。
Re:codedではライセンスが「ヒーローズライセンス」という名称に変更された。
最初はレイヤー5までで、ケルベロスとハデスを倒すとクリアとなる。
2周目以降はレイヤー15、3周目以降は最高レイヤー30まで選択することができる。
レイヤー5、15、25、30でボスが待ち構えている。
戦闘ではデータ・ソラのコマンドをセットでき、戦闘時「コンパイル」によって特殊コマンドに変化する。
複数のコマンドをコンパイルすることで、レベルの高い攻撃や全体攻撃等が可能になる。
また、コマンドのゲージは時間経過では回復せず、攻撃がHitするごとに少しずつ回復する。バグブロックへの攻撃でも回復する。
