異空の海を渡り他の世界へ移動するための装置。
外見は棺のようなポッドが放射状に並び、その上には大きな謎の球体がある。
- 箱の窓のような部分の意匠はハートレスのエンブレムに似ている。
- ハートの下に十字というシンボルは予知書やエラクゥスの一門のシンボルにもある特徴となっている。
KH 
エンド・オブ・ザ・ワールドの世界の牢獄から移動できる研究室のような部屋に設置されている。
デイブレイクタウンの箱舟とはポッドの数が異なっている。
これを調べると謎の文章が表示される。
- 詳細はエンド・オブ・ザ・ワールドの世界の牢獄の項にて。
Uχ
データ世界及び現実世界のデイブレイクタウンの時計塔内部に設置されている。
本来は異空の海への脱出用として造られたが、製作途中で放置され未完成のままとなっており、乗った者はスピードに耐えられず肉体を失い心のみが箱舟に残ることになる。
その状態で光速で時間の壁を破ることになり、未来への時間移動が可能となっている。
- 心のみで時間移動することになるが、自分の肉体を形成できる媒介と自分を記憶する者達が存在すれば肉体は再形成される。実際にKHIIにおいてマレフィセントはマントと3人の妖精によって復活をとげている。
また、データ世界の箱舟を使用することで現実世界に移動することが可能だが、同時に時間移動を行うことは不可能であり、現実の箱舟を使用する必要がある。
シナリオ中ではマレフィセントがデータ世界を脱出し未来に戻るために使用しようとしている。
闇を名乗る存在がマレフィセントに接触し、この時代の住人を未来へ移動させるための標とするためにマレフィセントに箱舟の存在を教えている。
- 上記のように本来は外の世界へ脱出するための装置なのだが、未完成のまま放置されており、それを利用して時間移動に用いた。
ただしこの方法では時間移動の際に肉体は消滅し、未来にたどり着くのは心だけになる。
