ボーダーランズ2は、はるか上空から惑星を支配するHyperion社のCEOハンサム・ジャックから惑星パンドラを解放しようとする、4人の新しいVaultハンターの奮闘を描いた物語である。
人並み外れた才覚とカリスマ性を持ちながらも、残忍卑劣極まりないハンサム・ジャックに、自由を愛するVaultハンターたちが今、反旗を翻す!
プレイヤーは惑星パンドラに降り立ち、冒険の旅を続けていくうちに、やがてハンサム・ジャックが封印されていた古代異星種族の邪悪な戦士
The Warrior(ザ・ウォリアー)を呼び覚まそうとしていることを知り、ジャックの野望を阻止するため仲間たちと力を合わせて戦うことになる。
クエストには前作の懐かしい顔ぶれ―ローランド、ブリック、モーデカイ、リリス―も重要人物として登場。
彼らは新しいキャラクター達と共にThe Warriorとジャックを倒し、惑星パンドラを救うため、プレイヤーを強力にサポートしてくれる。