概要
Ver.3.xまで【オフラインモード】のつづきとしてプレイできた、60年前の【レンダーシア】における【主人公の兄弟姉妹】の冒険。
【Ver.4.0】でオフラインモードが廃止されたことに伴いプレイ出来なくなり、代わりに【エテーネの島】周辺で本棚にある『さまよえる錬金術師 ○巻』を読むことで、イベントシーンを再構成したダイジェストモードを見ることができる。
とある修道士が旅の途中で出会った錬金術師（主人公の兄弟姉妹）から聞いた話を本にしたことになっている。
すべての本を読むとオフラインモードのつづきをクリアした時と同様に【ごきげんなぼうし】が手に入り、かつてのオフラインモードのストーリーを 【おもいで映写機】で見返せるようになる。
なお、兄弟姉妹の装備（外見）は終始エテーネの服セットのまま。進行によって装備を変えることはない。
本がある場所は以下の通り。
2巻3巻を先に見つけても、1巻を読まないと続きが読めない。
Ver.4実装後にVer.2.3のストーリーをプレイする場合、ストーリーを丁寧に追っていけば順番に読める形にはなっている。
ストーリー
見慣れない平原に飛ばされた兄弟姉妹は、通りすがった【イッショウ】の言葉に従い、【ナルビアの町】に身を寄せる。
イッショウの娘である【リリオル】を錬金術によって救ったことから、ナルビアの町を拠点として、故郷探しの冒険を始める。
エテーネの村で錬金が失敗続きだったのは、錬金釜を使わず、ただの箱で錬金をしていたのが原因だったようだ。
そして、数々のほこらの攻略と錬金を繰り返し、【金のほこら】を突破し、エテーネの村にたどり着く。
そのエテーネの村では住人たちが生活していたが、村の住人で誰一人知っている人物はいなかった。
住人たちからは「救世主」と呼ばれ、巫女の館の入口を護る【チャツカ】からレシピを託される。
レシピを元に【ふしぎな豆】を錬成して持って行くと、幼年時代の【アバ】が腹ペコから立ち直り、難航していた継承の儀式が無事に終了。アバや村人からはその功績を称られ、エテーネの村の住人として迎えられる。
その後、未来を予知する力を持つアバから、兄弟姉妹は【時渡りの術】で過去に飛ばされてきたこと、この時代に時渡りの術を持つものはいないため元の時代に戻ることはできないと告げられる。
そしてアバの勧めにより、遠く離れた主人公に祈りを捧げ、その祈りはアバの力で主人公に届けられる。