概要
【グレイナル叙事詩】に記された、【アストルティア】が危機に瀕した時に全種族の生き残りをかけて発動される壮大なプロジェクト。
その内容は「各種族100人ずつを選別し、【大地の箱舟】に乗せて安全な場所に運び、選別されなかった者達は切り捨てる」という残酷なもの。
神話篇にて、大地の箱舟を起動させるために【星のオーラ】に魔力を集めさせられたことから、恐らく大地の箱舟で選民たちを救うというものだったと思われる。
早い話がドラクエ版「ノアの方舟（箱舟）」である。ちなみにゴフェルとは『旧約聖書』でノアの方舟の材料となった木の名前。
約6000年前のアストルティアにおいて第1次ゴフェル計画が発動されたという。
その後【神話篇】にて、現代アストルティアで第2次ゴフェル計画が発動寸前まで進んだものの、最終的に主人公らの活躍により回避された。
（なお、この流れはVer.1.2～1.3にて配信された予兆篇クエストで語られているが、現在は配信停止されている）
以後しばらく情報がなかったが、Ver.4.4ストーリー【うつろなる花のゆりかご】にて、現代において上記とは別の理由で第2次ゴフェル計画が発動されたことが判明し、その1000年以上後の世界である【アルウェーン】が舞台となった。
第1次ゴフェル計画
Ver.4.4にて、その年代は6000年前であることが判明した。【ロディア】によると、災厄の襲来によりゴフェル計画が始動したことは過去2回あり、1回目は実行に至らずに済んだが、2回目は実行されてしまったという。
それが6000年前であり、その以前に"幻の第0回"があったということになる。
この「第0回」は初代【時の王者】が活躍し未然に防いだとされており、その年代は遥か古代だとされている。
「アストルティア秘聞録」ではこの出来事が神話時代よりは後で7500年前よりは前であることが記されている。
そしてVer.6.0で詳細が明かされた。二代目の時の王者に【ヤマカミヌ王国】出身の【ハクオウ】が選ばれたが、仲間の犠牲を恐れるあまり1人で災厄の王に挑み返り討ちにあい死亡したことで発動されたという。
Ver.6.1では1000年後の【アルウェーン】からタイムスリップした【プクラス】によりゴフェル計画が進められていたことも判明した。
「アストルティア秘聞録」によればこの時にアストルティアは【神の緋石】に守られていた【レンダーシア】を除いて一度滅亡して暗黒時代に突入し、発動から約1000年後（現代から約5000年前）にゴフェル計画で避難していた種族たちが帰還したという。
なおこの間における【魔界】や【月世界】がどうしていたかは明言されていない。
第2次ゴフェル計画（神話篇）
覚醒した【災厄の王】から逃れるため、発動が計画された第2次ゴフェル計画。
クエスト【揺らぎはじめる世界】にて指令書を廻していく過程で、各【大国】【職人ギルド】【酒場】【預かり所】【旅のコンシェルジュ】【大陸間鉄道】を巻き込んだ壮大なものであることが判明していく。
本来はこの計画を準備するのは100年後の魔王が現れたときだったが、【冥王ネルゲル】という預言書に記されていなかったイレギュラーが登場し、彼が【魔瘴】で大陸を汚染したことで災厄の王まで反応を起こしてしまったため、実行せざるを得なくなった。
第一次および神話篇のゴフェル計画に関する謎
このゴフェル計画には謎があることを指摘するプレイヤーが神話篇実装当時から存在した。
例えば「揺らぎはじめる世界」においてだが、五大国それぞれに対応する使命があるにもかかわらず【人間】の国だけするべきことがなく、そのことが言及されることもない。
さらにクエスト【白き剣の下に】で各国の王がこの計画について会議をしたとき、人間の王の欠席についても人間の選別と救済についても誰一人話題に出さない。
欠席自体は【レンダーシア】が封印されているため当然だが、五大陸にも人間はいるのだから救済の検討は必要であるし、懸念事項として話題に出すのが自然なはずである。
つまり、この計画には本来は当然あるべき人間種族の救済が一切考慮されていないのである。
のちに発売された【ドラゴンクエストX アストルティア創世記】においてこの点に触れられ、「彼ら（人間種族）は滅亡を免れているため、独自の手段で災厄から身を守ったと推測される」という記述があるが、どのような手段で生き残ったのか、そもそも何故救済対象にならなかったのかは未だ謎に包まれたままである。一応レンダーシアには【神の緋石】が点在するが、それについても言及されない。
一方で同書には、「【グランドタイタス号】建造前は人間以外の種族がレンダーシア大陸への渡航が禁止されていた」とあるが、5000年前の【エテーネ王国】には極少数ながら他種族の姿があり、1000年前の【魚交換員】や【紅衣の悪夢団】が襲撃した村の住人など人間以外の種族もレンダーシア各地に存在するため、やはりよく分かっていない。
暫定1000年前～現在の間の何処かで何らかの事件が発生し、それによりレンダーシア住人が差別もしくは迫害されたのだろうか。
ちなみにVer.2開始時点でそういった差別が行われていないのは、本編開始より23年前に第一子【トーマ】を授かった【アリオス王】が王家の威信を示すべく、そして【大魔王マデサゴーラ】に対抗するべく渡航禁止を撤廃したためである。
神話篇は本来メインシナリオとの矛盾が多く、矛盾点には目を瞑る方向で検討するかとも思われたが、Ver.4.4で再びゴフェル計画について言及されたことで疑問が再浮上。今後メインシナリオで三度登場するかもしれない。
なお【アンケートにご協力を～♪】でも人間のNPCのみ存在しない。つまりプクラスも「人間は救済に含めなくて良い」と考える明確な理由があったと考えられる。
「アストルティア秘聞録」によれば【エテーネの島】およびレンダーシアは神の緋石によって守られていたために滅びから免れており、エテーネ王国もこの暗黒時代の最中に建国されたという。
第2次ゴフェル計画（うつろなる花のゆりかご）
増殖して星全体を制圧した【増殖獣バイロゴーグ】から逃れるため、現在より少し先の未来で発動されたという第2次ゴフェル計画。本ストーリーは、これが発動されたことが前提となっている。
なお、避難民を逃がす手段は技術進歩により大地の箱舟から宇宙船にパワーアップしている。詳細は【宇宙船アルウェーン】にて。
【アストルティア博物館】の記録によるとこの時行われたのは「八王会議」、即ちレンダーシアの2か国も参加しており、人間の救済も計画に含めていたことがわかる。
Ver.4.5前期ストーリー【遥かなる未来への旅路】をクリアすると滅びの未来が回避されるため、こちらの第2次ゴフェル計画も無かったことになり、宇宙船アルウェーンは観光宇宙船となっている。
余談
ゴフェル計画準備のための一連のクエストプレイ可能最終日から4日過ぎた2013年5月20日、日付が変わった直後から全プレイヤーが強制ログアウト、復帰できないという過去最大級のサーバー障害が発生。
更に無理矢理ログインしようとすると冒険の書が他人のものと入れ替わっているとの情報がTwitter上に寄せられ、プレイヤーは不安な一夜を過ごすこととなった。
朝には障害は解消され、入れ替わった冒険の書も元に戻り、冒険者たちはいつものアストルティアへと帰っていたが、ゴフェル計画準備クエストが終了した直後というあまりにピッタリのタイミングから、ネット上では｢ゴフェル計画がついに実行され、自分は生き残れる100人に選ばれなかった｣という、冗談半分不安半分の書き込みがネット上にはそれなりの数見られた。