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添付・バージョン5ストーリー
【いばらの巫女と滅びの神】-【魔界大戦】-【王の戴冠】-【勇者復活】-【神の覚醒】-【闇の根源】
概要 
【Ver.5.5】のメインストーリーにして、Ver.5の完結編。前期・後期と2回に分けて配信される。
前期でメインストーリーが完結していたVer.4とは違い、Ver.3のように後期が最終章となる。ただしVer.3とも違い、前期ストーリーが終了しても「これまでのおはなし」に「CLEAR!」表示が付かず、後期と一纏めの扱いとなっている。
開始には前バージョンまでのメインストーリークリアに加え、「【遠い約束】」「【約束の旅人】」のクリアが必要となる。
前期段階では【うつろなる花のゆりかご】以来となる、新規BGMが一切ない章である。
ストーリー
前期
【女神ルティアナ】が【ジャゴヌバ】に敗れ、日に日に濃くなっていく【魔瘴】の対策に各国が手をこまねいている中、【主人公】は【エルドナ】から【巫女ヒメア】の元へ向かうよう神託を受ける。
【ユシュカ】と共にヒメアの元に向かい、彼女の命と引き換えに【世界樹の花】を受け取って【光の河】の奥底に眠っているルティアナの魂に接触、【邪神ヴァニタトス】の妨害を受けるも、【光の胡蝶】という仮初の姿だが復活に成功する。
しかし同時に【魔界】には遂に【大魔瘴期】が到来し、各地に多大な被害を与える。
ルティアナの力で各地の魔瘴塚を浄化していくが、その最中で【アスバル】から保管されていた【リドのタリスマン】が盗まれたことを知らされる。
必要な切り札を起動させるためにリドのタリスマンを盗んだ【主人公の兄弟姉妹】だが、それが起動しないことに焦りを見せ、更にジャゴヌバの手が迫ってくる。
ユシュカの支援の下にルティアナの力で兄弟姉妹の精神世界に入り込んだ主人公は、兄弟姉妹の魂を縛っていた【闇の根源の呪縛】を共に撃退し、兄弟姉妹を遂に長きにわたる呪縛から解放することに成功する。
しかし、戻ってきた直後に【ナラジア】が現れ、主人公を本当の【大魔王】にしようと連れ去ろうとするが、ユシュカがナラジアを挑発し、その挑発に乗ったナラジアはユシュカを代わりに連れ去っていき、その場には【魔剣アストロン】だけが残された。
後期
【ユシュカ】から【血の契約】を介して【滅星の邪園】のイメージを送られた【主人公】は、そこへ向かうために必要な切り札を復活させるために【主人公の兄弟姉妹】から教えられた方法で【リドのタリスマン】の力を解放し、【海魔獣ブルラトス】を呼び出すことに成功する。
【勇者姫アンルシア】、【アスバル】、【ヴァレリア】、【賢者マリーン】らと共に滅星の邪園に乗り込み、そこで待ち受けてた【魔祖】達を退けながら内部を進み、途中で機構を稼働させるための力を注ぐために残った4人と別れた主人公は最奥部に向かい、ユシュカと再会する。
しかしユシュカの精神は【ジャゴヌバ】に支配されかけており、完全に支配される前に自らを殺すように頼むが、主人公はそれを拒否。
その場に現れた【ナラジア】により【大魔王ユシュカ】に変貌させられ、それを倒すもナラジアはユシュカの力を暴走させて諸共始末しようとするが、【魔剣アストロン】の呼びかけによりユシュカに突き刺して鉄塊化させる。その様子にナラジアは嘲笑うが、アストロンに宿っていた【ナジーン】の魂との対話で復活したユシュカに一喝される。
最深部でナラジアは主人公を再び取り込もうとするがルティアナに拒まれ、ナラジアはジャゴヌバの肉体と一体になって襲い掛かるが、思わぬ反撃により驚愕する。
しかし、ルティアナがとどめの一撃を放った時に逆にその力を取り込み、【絶対滅神ジャゴヌバ】となってルティアナを消滅させてしまう。ルティアナは最後の力で全ての世界の人々に祈るように呼びかけ、創生の力をアストロンに注いでユシュカとナジーンに主人公を守るように頼む。
そして死闘の果てにジャゴヌバを倒し、【アストルティア】と【魔界】の全て人々の祈りの力を込めた【ミナデイン】で完全に消滅させた。
これにより神話時代から続く戦いについに終止符が打たれ、今後新たな魔瘴が生み出されることはないが、その残滓を消すためにルティアナは光の河となり消滅した。最後の願いで彼女を残して。
【大魔王城】では祝勝の宴が開かれたが、一方でその頃【港町レンドア】の上空には謎の島が出現して騒ぎが起こり、そしてその中には【フォステイル】の姿もあった。
To be continued…
