概要
【冥王ネルゲル】戦でネルゲルに力を与えた、人間の手に似た大きな手の姿を持つ謎の存在。
超高濃度の【魔瘴】らしき雲から生えてくるように現れ、これが全身なのか一部なのかは定かではなかったがVer.5ストーリー内で一部であることが判明している。
神代の時代における神話戦争で【六聖陣】がこれとの戦いに敗れたために【アストルティア】に魔瘴が溢れ、アストルティアに生きる者の多くが魔物へと変質したことがレベルキャップ開放クエストにおいて語られる。更に魔瘴に汚染された大地を生き物たちや闇の根源ごと切り離されたものが【魔界】であることが判明する。
かつてアストルティアを守っていた帝王を【災厄の王】に変質させたのもこれの力によるものらしく、六聖陣とこれの戦いは初代【時の王者】が存在する以前から続いていることがうかがえる。
【戦禍の邪神】や【虚無の邪神】のほか数体の邪神を側近にしている。
【旅芸人ピュージュ】の言う、「あの方」と同じ存在なのかどうかも気になるところである。
ビックリするほど腕が伸びる。また爪が長いので壁に爪が引っ掛かって何度も動けなくなる。ちょっとバカっぽい。
その真名は【異界滅神ジャゴヌバ】。Ver.3.5後期のクエストおよびVer.5.2以降のメインストーリーでその名が明かされ、専用BGMのタイトルは【大いなる闇の根源（曲名）】である。
また、前述の伸びる腕と大きな手の姿を持つものは【暗黒の手】であると判明した。
Ver.1.0
前述どおり冥獣王を誕生させたほか、主人公を捕まえんと襲い掛かり【冥王の心臓】を破壊した。
Ver.1.5
レベル解放クエストの最終的な目的がこれとの戦いに備えるためである事が判明。
Ver.2.4
【悠久の果ての決戦】で【大魔王マデサゴーラ】に古き契約によりチカラを与える。
大魔王とはこれが初対決なので、闇の根源無しの大魔王の実力はついぞ分からなかった。
クエスト【マスターからの最終試練】の中で、【スキルマスター】は大いなる闇の根源との戦いに備えて世の冒険者たちや弟子（【タッツィ】、【ディエゴ】、【サリアス】）を鍛えていること、それが「旧い友人」との約束であることが語られる。
なおスキルマスターの正体は【ダーマの神】、「旧い友人」は【グランゼニス】を指すと推測される。
また、この時期に発売された【シアトリズム ドラゴンクエスト】にもしれっと出演している。
Ver.3.5後期
【虚空の神ナドラガ】の内に宿る「地上の民全てを滅ぼす瘴気」として三度登場。ネルゲル戦時のような巨大な腕が現れ、ナドラガを【邪竜神ナドラガ】に変えた。
そして、別のクエストでは【聖光教主】よりジャゴヌバの真名も明かされた。
Ver.4.1
闇の根源の分け身とされる【魔瘴魂ナドラグル】が登場。彼の言により、大いなる闇の根源の最終目標が「【創生の魔力】で生み出された全ての存在を闇に帰すこと」だと判明した。
Ver.4.5
【絶牙の白獅子】のまめちしきにより、アストルティア各地の魔瘴に冒された土地は全て、配下の邪神達に関わりがあることが判明した。
オーグリードは戦禍の邪神、プクランドは【けがれの大蛇】でほぼ確定、エルトナは不明だが【呪われた大地】に関係するらしいが虚無の邪神との関連は不明。
しかしウェナとドワチャッカとレンダーシアはどこに邪神が封じられているのかまったく不明。
Ver.5.0
【魔界】が舞台なだけあり、直接的に絡まなかったVer.4から一転して頻繁にその名を聞くことになる。
魔界では魔族、魔物を生み出した創造神とされており、序盤の【ユシュカ】の台詞に始まり、各地でNPC達がその名を呼ぶなど、【アストルティアの神々】に比べその知名度は抜群に高い。
しかし、あまり信仰対象とは見られていないようで、聖職者や宗教団体に当たる存在は確認されていない。
強いて言えば、直接接触する【魔仙卿】が近い立場と考えられなくもないが、その魔仙卿にすら呼び捨てにされている始末である（ストーリー中では真名の言及がなされていないので仕方ないが）。
【ヴァレリア】らの反応を見るに、魔界の民からは魔仙卿共々むしろ胡散臭い存在として邪険に扱われていることが覗える。
ストーリー終盤に魔仙卿の呼びかけに応じて久々に巨大な黒い手の姿で登場し、【大魔王】候補者として【ゴダ神殿】に集まった魔界各国の【魔王】たちを品定めした。
魔仙卿によると「魔族の祖」「すべての魔瘴の源」「魔界を魔界と成さしめる存在」「魔瘴を統べるもの」であり、その力は必ずしも悪しきものではなく使い方により意味が変わるのだという。【魔瘴石】と【太陽の石】の関係のようなものだろうか。
ちなみに魔仙卿は「闇の深淵に蠢く始原のかいな（二の腕）」とも呼んでおり、これまでの闇の根源は腕の部分だと断言された。
自らは言葉を発することは無かったが、魔仙卿を通じた天啓として、何と【主人公】こそが次期大魔王の器有りとの神託を行う。当然ながらその結果に他の魔王たちは激怒・失望し、その場を後にしてしまった。
その後、元の姿を取り戻すことを目的としていた主人公の前に自身の一部である【闇の根源の幻影】を向かわせ、姿を取り戻そうとすることを否定してくる。魔仙卿と同じく、主人公の素性を既に見抜いている模様。そもそもVer.1で対峙しているので当然なのだが。
主人公に大魔王の器があると判断した点や、姿を取り戻すことを拒否した点から、ナドラガやキュロノスの時のように主人公を自らの眷属に引き込もうとした可能性も否定できない。
魔界ではアストルティアと比べて魔族同士による勢力争いが多いらしく、今回もまた大魔王の座を巡った魔界大戦が勃発寸前となっている。
曲がりなりにも魔界の神である彼からすれば、自らの子孫にして尖兵となる魔族・魔物が同士討ちで弱体化することは避けるべきだと思われるが、今のところ率先して止めようとする様子は見られていない。
ただし、前述のナドラグルの言葉通りアストルティアの支配ではなく消滅が望みであり、そのために魔族や魔界を使い潰しても構わないと考えているのであれば一応説明はつく。
次の【大魔瘴期】は魔界もアストルティアも滅亡する規模となっており、現状で魔界側に明確な対処法は存在せず、アストルティア側もまだ対処に動き出せていない。
戦乱が起これば魔界各国が連携することは完全に無くなり、ついでに親アストルティア思想を持つユシュカなどが戦死してくれれば魔界とアストルティアと連携して大魔瘴期に対処することも無くなるため、彼にとって好都合ということなのかもしれない。
他にも何か理由があっての傍観なのかは不明である。
また、旅芸人ピュージュとの関連はまだ明らかになっていない。
Ver.5.1
魔瘴塚を浄化しようとする【イルーシャ】に対し黒い腕で押し潰す幻覚を見せつけた。
本バージョンでの出番はそれだけであり、やはりと言うか魔界大戦に対しては全く介入はしていない模様。
Ver.5.2
ついに魔仙卿の口から真名がボイス付きで語られた。
また【魔瘴魂グウィネーロ】の図鑑説明から、身体が皮膚に覆われていることが判明した。
Ver.5.3以降は、ジャゴヌバの名で実体も登場するようになるため、ジャゴヌバの項を参照。