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添付第3部以前の登場人物については登場人物一覧を参照。
翻訳チームによるニンジャ名鑑 
◆重点◆ニンジャ名鑑には平然とネタバレ要素が含まれています。お話を読まずに前もって確認する場合は自己責任な◆ワーニン◆
◆ちがいの◆また、名鑑は原作者のメモ書きを元に記載されているため、連載版設定とは実際矛盾する所があるところも重点◆わかるニンジャ◆
◆ニンジャスレイヤーと協力者達◆
◆ソウカイヤ（ソウカイ・シンジケート）◆
所属ニンジャの一覧は組織ページを参照。
◆ザイバツ（ザイバツ・シャドーギルド）◆
所属ニンジャの一覧は組織ページを参照。
◆過冬（カトー）◆
所属メンバーの一覧は組織ページを参照。
◆ネザーキョウ◆
所属メンバーの一覧は組織ページを参照。
◆ダークカラテエンパイア◆
所属メンバーの一覧は組織ページを参照。
◆その他の武装勢力◆
ユウモイン家関係者
イモータル・ニンジャ・ワークショップ
ジェノサイド・チルドレン関係者
- 制作者
- ジェノサイド・チルドレン
コヨミ・ウサギ一味
サンズ・オブ・ケオス
ドラゴン・ドージョー
ボロブドゥール（ムカデ・ニンジャクラン）
ハデス・ニンジャクラン
赤竜騎士団
サワタリ・カンパニー
- 代表取締役CEO兼大将兼主任技術者
- ニンジャ社員
- 非ニンジャ社員
エル・キケン
電子エーゲ海帝国
エジプト（エネアド社）
- 王
- 所属ニンジャ
- エネアド社所属ニンジャ
- エネアド社員
- 支社長／外交部代表
- 部長
- パワキ
- 傭兵ニンジャ
- 所属不明
- 協力者
デルタ・シノビ
所属メンバーの一覧は組織ページを参照。
スレイプニル
キモン
アゾット一味
ハイランド
- 総督
- ロイヤルコート
- 元ハイランダー
ケイムショの軍勢
獄麗
◆企業・商店◆
サマズ社
- 所属ニンジャ
シンケンタメダ・カンザイ・メディケア社
- CEO
- 秘書
- 社員
- アンキタ
- ウォンキ
- シモバ
- タゴキ
- ヒラタ
クラバサ・インコーポレイテッド
オムラ・エンパイア
- 所属メンバーの一覧は組織ページを参照。
カタナ・オブ・リバプール社
- 所属メンバーの一覧は組織ページを参照。
デクタ・サキモノ・エメツ・テクノロジー・アンド・リサーチ社
NSTV社
- 社員
- イデモチ
- ケオリ・タママ
- サトバ
- ミドミケ
チカハ社
- 所属ニンジャ
ヨロシサン・インターナショナル
- 所属メンバーの一覧は組織ページを参照。
ヤナマンチ社
アダナス・コーポレーション
- 社員
オクダスカヤ社
- 所属メンバーの一覧は組織ページを参照。
シンゴ社
ヌーテック社
- 所属メンバーの一覧は組織ページを参照。
リロン・ケミカル社
- 所属ニンジャ
アルカナム・コンプレックス社
- 所属メンバーの一覧は組織ページを参照。
ゼン・ミライ社
- 所属メンバーの一覧は組織ページを参照。
ピザスキ
カワザ・セイジツ・インコーポレイティッド
- CEO
ミハル・オプティ社
- 部長
- トブノ
- 課長
- キギ
アマテラス・アームズ社
- 所属ニンジャ
◆宗教団体◆
ウキヨポリス
論理聖教会
- 枢機卿級ニンジャ
- 所属ニンジャ
- 宣教師
- 信者
- 協力者
◆その他のニンジャ◆
ネオサイタマ
- アイアンアトラス
- アシッドフォージ
- アマルガム
- アンダーエンジェル
- エッジウォーカー
- オーチャード
- オルマロク
- ガゼルジャンプ
- ガゼルビート
- カノープス
- グラスローチ
- グラビティボンズ
- サザンクラウド
- ザナドゥ
- ジェドマロース
- シックラー
- シナリイ
- シンセシス
- スペルウィーヴァー
- ゼンマスター
- ターミナス
- デルフィニア
- トーピドー
- ドクトリン
- ナイトシフト
- ナハトローニン
- ノンプリズナー
- バーンドヘル
- パースウェイダー
- パンヤンドラム
- ピットヴァイパー
- フェイズホース
- ブラックパール
- ペインローラー
- ヘルバガー
- マサクリスト
- マサクレンド
- ミートハンマー
- メリージェーン
- ライジン
- ラストリゾート
- ラットバム
- ラフデーモン
- リキッドゴースト
- リンドーズ
- ルミノセイバー
- レザボア
ネオサイタマ郊外
女子高生収容所
ヘクセンナハト村
キョート
岡山県
ドサンコ・ウェイストランド
諸外国
アメリカ
アラスカ
イギリス
インド
オーストラリア
カナダ
チャイナ
デジ・プラーグ
ドイツ
ネオワラキア
ペルー
南アフリカ
メキシコ
不定
- アクセルジャック
- アズール
- アナイアレイター
- アラシ・ニンジャ
- ウィッシュボーン
- ウミノ・スド
- グラニテ
- クローザー
- デスドレイン
- ブリックブレイカー
- ベンガルタイガー
- マスターヴォーパル
- モモジ・ニンジャ
- ヤモト・コキ
- レッドハッグ
コトダマ空間
ネザーオヒガン
ヨモガハマ
その他
「スレイト・オブ・ニンジャ」
名称不明ニンジャ
- エピソードの進行上どうしてもこのような存在は出てきてしまう。詳細は個別ページを参照。
◆ヤクザクラン◆
- オンラ・コンジキ
- ゾウラン・ダイ・カイ
- タケダ・オブ・デス・ヤクザクラン
- デスドクロ・ヤクザクラン
- デビルズカインド・キョダイ
- ブラッドズー・クラン
- マンスローター・ダンゴウ
◆ギャングクラン◆
- クロシオ・クラン
- エディ、ゾエモン - リーダー格
- ニールセン、マタロ - 構成員
- ザンキ・ギャング
フーディーギャング
- カジュアリティーズ
- ウッドマン
- タンクマン - 切り込み隊長
- トリックアマック - 闇サイバネ医師
- スカルボーン
- ツチグモ・ギャング
- ツルワカメ
- シューティングスター
- アマヤツ - 代表代行
- ヴァイキ - 代表取締役補佐
- ジュリタ - 専務取締役
- ルミエール - 特別取締顧問
- デスパイア・ダンゴウ
- 四二円茶（フォートゥ・エン・テイ）
- マグナカルタ
- シバキ - ラッパー
- ヤキマル - 情報伝達係
- ブラック・カッパ・ギャング
◆市民◆
ネオサイタマ
- アサリ
- イシモ
- コミタ・アクモ
- セバタキ・ケンロ
- タゴ・シボ - ネオサイタマ大学准教授
- タタラギ
- チュリ
- デッドムーン
- デンチ
- トイコ
- トベキ - トロト・ストリートの地下バーのマスター
- バッドマックス・ヒルマ
- ピーボディ
- ボンカイ・トダ - ソウカイヤお抱えのタトゥーイスト
- ミッチ
- ミボシ
- ムキョウ
- モウタロウ
- ヨウナシ
- DZ
ネオサイタマ郊外
サキモノシティ
- ミチ - 子供
女子高生収容所
- テマリ
- ミラ - 女子高生
ヘクセンナハト村
- ウィッチファインダー
- エマ - 子供
- デトレフ - 大男
- フェリシア
ネオサイタマの遙か東方向
99マイルズ・ベイ
キョート
ドサンコ・ウェイストランド
モロクマ・シティ
アラスカ
- エイブ
- ジェシ
- スージー
- ダグ
- デイビス
- ディンゴ - サンダーデビルの弟分
- ニック、フランツ、マティス - スーサイドの舎弟
- ネルソン
- パモダ - ザパリコン社の営業部長
- メイ - モータルの少女
- リロイ
- レニ
- ヤン - スーサイドとヘイゼルの舎弟
ブラジル
岡山県
ボロブドゥール
- ウィッチドクター - 老婆
- エンドロ
ギリシャ
デジ・プラーグ
ネオワラキア
フランス
ネザーキョウ
- アレン、キンケイド、フィル、ヤス - ザックの仲間の悪童
- オリバー、キネコ、ジェイソン、ジョナス、リアム - ネザーキョウ辺境の村人
- ジョージ
- タマカ - 前線都市ヤマザキのエンジニア
- ドリームキャッチャー
- ルーカス - UCA（ユナイテッド・コープス・オブ・アメリカ）の新兵
- A-1
- DD-022、LL-004、LL-033 - リコナー
- XX-001 - XX-002の師匠のリコナー
- XX-002 - ザックの師匠のリコナー
不定
◆芸能関係者◆
◆リアルニンジャ及びアーチニンジャ◆
ここでは第4部に登場し、かつ上記の項目に含まれていないリアルニンジャのみを挙げる。その他のニンジャについてはリアルニンジャ一覧を参照。
- ア・ニンジャ
- アズマ・ニンジャ
- ウラシマ・ニンジャ
- ウン・ニンジャ
- オダ・ニンジャ
- オベロン
- グレンデル・ニンジャ
- クロヤギ・ニンジャ
- ゴルジ・ニンジャ
- サカラギ・ニンジャ
- サザナミ・ニンジャ
- サナダ・ニンジャ
- シ・ニンジャ
- センド・ニンジャ
- タマテ
- ダンア・ニンジャ
- ドクロ・ニンジャ
- パズズ・ニンジャ
- ヒカリ・ニンジャ
- ヒスイ・ニンジャ
- ピット・ニンジャ
- ヒャッポ・ニンジャ
- ヘラジカ・ニンジャ
- ヤイバ・ニンジャ
◆原作者、スタッフ、関係者、ヘッズ◆
- ブラッドレー・ボンド＝サン
- フィリップ・ニンジャ・モーゼズ＝サン
- 翻訳チーム
- SAKIBURE
- モーターロクメンタイ - 『ニンジャスレイヤーTRPG』イベントの案内役
その他は公式関係者を参照。
◆ゲーム◆
※原作者以外のスタッフによる創作キャラクターも含まれると思われる。
